RasMol_2.7.2.1 e' un programma per la visualizzazione di molecole in 3D,
progettato per la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole
molecole, basato su RasMol-2.6. di Roger Sayles. Il programma ha come 
finalita'la visulizzazione di immagini di qualita' per scopi didattici e 
di divulgazione. 
 
RasMol e' compatibile con i seguenti sistemi operativi: Microsoft 
Windows, Apple Macintosh, UNIX e VMS. Le versioni UNIX e VMS richiedono 
un display X Windows a 8, 24 o 32 colori(X11R4 o successivo). Il 
programma legge file di coordinate molecolari e mostra interattivamente 
la molecola su schermo in una serie di schemi di colori e di 
rappresentazioni molecolari.

Le rappresentazioni attualmente disponibili includono i fili di ferro 
depth-cued, cilindri ' Dreiding ', sfere da riempire (CPK), sfere e 
clindri, solidi e nastri biomolecolari, le etichette dell'atomo e le 
superfici punteggiate.

Si puo' accedere alla sezione RasMol help digitando "help <topic>" o 
"help <topic> <subtopic>" dalla command line. Per accedere alla lista 
completa dei comandi di RasMol basta digitare "help commands", oppure, 
in modo abbreviato "help". Si prega dileggere con attenzione le note 
riportate nella sezione "help notices". 

RasMol Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999
Versione 2.6x1 Modifiche Copyright (C) Arne Mueller 1998
Versionse 2.5-ucb and 2.6-ucb Modifiche Copyright (C)
UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996
RasTop 1.3 Copyright (C) Philippe Valadon 2000
Versione 2.7.0, 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2, 2.7.2.1 Modifiche
Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001
rasmol@bernstein-plus-sons.com


?notice
?notices


Questo software e' stato creato da diverse fonti. La maggior parte del 
codice deriva dalla versione 2.6 di RasMol 2.6, come ideata da Roger 
Sayle. Vedi: 
      ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol

Il codice di torsione dell'angolo, il nuovo codice POVRAY3 ed altre 
caratteristiche derivano dalle revisioni 2.6x1 di RasMol curate da Arne 
Mueller. Vedi: 
     ftp://nexus.roko.goe.net/pub/rasmol

Il codice Ramachandran per printer plot deriva da fisipl creato da
Frances C. Bernstein. Vedi il programma su nastro della Banca Dati 
delle Proteine. 

Le modifiche CIF fanno uso di un archivio basato in parte sull'archivio 
CBFlib di Paul J. Ellis e Herbert J. Bernstein. Vedi: 
      http://www.bernstein-plus-sons.com/software/CBF

Parti della CBFlib sono liberamente basate sul pacchetto software 
CIFPARSE della  NDB presso la Rutgers University. Vedi: 
      http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

Per avere informazioni sulle note delle applicazioni digitare i comandi 
RasMol 'help copying', 'help general', 'help IUCR', 'help CBFlib', e 
'help CIFPARSE'. Digitare invece 'help copyright' per ottenere 
informazioni sulle licenze. Per la versione RasMol V2.6 o per le 
versioni le precedenti, digitare il comando  'help oldnotice'. 


?copyright
Copyright
                               RasMol 2.7.2.1
              Programma per la visualizzazione di Molecole in 3D
                               2 Aprile 2001

                            Basato su RasMol 2.6 di
                                 Roger Sayle
        Biomolecular Structures Group,Glaxo Wellcome Research & Development
                            Stevenage, Hertfordshire, UK
                Versione 2.6, Agosto 1995, Versione 2.6.4, Dicembre 1998
                         Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999
                         
                         e Basato sulle modifiche a cura di

 Autore             Versione, Data             Copyright

 Arne Mueller       RasMol 2.6x1   Maggio 98   (C) Arne Mueller 1998

 Gary Grossman and  RasMol 2.5-ucb Novembre 95 (C) UC Regents/ModularCHEM
 Marco Molinaro     RasMol 2.5-ucb Novenbre 96     Consortium 1995, 1996

 Philippe Valadon   RasTop 1.3     Augosto 00  (C) Philippe Valadon 2000

 Herbert J.         RasMol 2.7.0   Marzo 99    (C) Herbert J. Bernstein
 Bernstein          RasMol 2.7.1   Giugno 99       1998-2001
                    RasMol 2.7.1.1 Gennaio 01
                    RasMol 2.7.2   Augosto 00
                    RasMol 2.7.2.1 Aprile 01

                             e con le traduzioni di


 Autore                               articolo                 lingua

 Isabel Serván Martínez,
 José Miguel Fernández Fernández      2.6   Manuale            spagnola
 José Miguel Fernández Fernández      2.7.1 Manuale            spagnola
 Fernando Gabriel Ranea               2.7.1 menu e messaggi    spagnola

 Jean-Pierre Demailly                 2.7.1 menu e messaggi    francese

 Giuseppe Martini, Giovanni Paolella, 2.7.1 menu e messaggi    italiana
 A. Davassi, M. Masullo, C. Liotto    2.7.1 archivio di aiut

                              Questa edizione da
   Herbert J. Bernstein, Bernstein + Sons, P.O. Box 177, Bellport, NY, USA
                        yaya@bernstein-plus-sons.com
                Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001
?copying rasmol
Copying RasMol


Questa versione si basa su RasMol 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1 e RasMol 2.6.4. Non e' 
consentito apportare modifiche a RasMol, ma e' consentita e auspicata la copia e 
la distribuzione gratuita solo alle seguenti condizioni: 


 1. Se si include la completa documentazione, specialmente il documento NOTICE, 
in quello che si intende distribuire, o se si forniscono chiare indicazioni su 
dove e' possibile ottenere una copia della documentazione; e 
    
 2. se si forniscono, dove necessario, i dovuti riferimenti citando in maniera 
appropriata la versione e gli autori; e 
    
 3. se non si lascia in alcun modo intendere che gli autori originali vogliano 
fornire una garanzia di alcun tipo.
 
Se si desidera utilizzare parti di RasMol in qualche altro programma, e' 
possibile apportare le conseguenti modifiche di RasMol facendo cio' che 
legalmente si definisce "lavoro derivato" Tutto questo non soltanto e' 
consentito, ma viene anche incoraggiato dagli autori nell'osservanza delle 
seguenti procedure: 

 4. Fornire una documentazione esaustiva di cosa deferisce dalla versione 
originale di RasMol e come; e 

 5. Rendere disponibile la fonte del codice modificato. 


La presente versione di RasMol non e' di pubblico dominio, tuttavia viene 
concessa liberamente alla comunita' con l'obiettivo di dare un contributo al 
progresso della scienza. Le eventuali modifiche, pertanto, devono essere 
apportate in tale ottica, consentendoci poi di poterle includere nelle future 
versioni di RasMol.  

?general
?generalnotice
?general notice
General Notice

Le seguenti note si riferiscono al presente lavoro nella sua interezza ed ai 
lavori che esso include:

* Le attivita' creative dipendono dal continuo e vivace scambio di idee. Ci sono 
leggi e regole che stabiliscono diritti e responsabilita'  sia per gli autori 
sia per i fruitori. Con questo avviso non si intende scoraggiare l'uso del 
software e dei documenti in esso contenuti, ma evitare ogni possibile 
fraintendimento su termini e condizioni di uso.

* Si prega di legere attentamente la seguente nota. Se non dovesse essere 
comprensibile, anche se solo in parte, si consiglia di ricorrere alla consulenza 
di un legale prima di utilizzare il software ed i documenti in esso contenuti. 
Oltre al rispetto dei diritti di copyright, siete pregati di indicare 
chiaramente i riferimenti dove e' necessario, citando il pacchetto, gli autori 
e la URL o le altre fonti do cui deriva, o fornendo i riferimenti primari 
equivalenti in letteratura con gli stessi autori.

* Alcuni dei software e dei documenti inclusi all'interno di questo pacchetto 
sono proprieta' intellettuale di diverse parti, tuttavia cio' non implica che 
tali diritti siano in qualche modo diminuiti o alienati.

* Per i software o documenti sottoposti a Copyright, TUTTI I DIRITTI SONO 
RISERVATI AI PROPRIETARI DI TALE COPYRIGHT. 

* Gli autori dei vari documenti e software qui inclusi si sono sforzati di 
assicurare che la documentazione rispecchi il funzionamento di questi, tuttavia, 
nel caso in cui si dovessero riscontrare eventuali problemi, la vostra 
segnalazione ci e' particolarmente gradita. I programmi, i documenti ed ogni 
file creato dai programmi sono stati forniti **COME SONO** senza alcuna 
garanzia di correttezza, commerciabilita' o conformita' per uso generale o 
particolare.
 
* OGNI RESPONSABILITA', PER QUALSIASI CONSEGUENZA AVVERSA DERIVANTE DALL'USO 
DEI PROGRAMMI O DEI DOCUMENTI O DI QUALSIASI FILE O FILE CREATI DALL'USO DEI 
PROGRAMMI O DEI DOCUMENTI E' ESCLUSIVAMENTE A CARICO DEI FRUITORI DEI PROGRAMMI 
O DEI DOCUMENTI O DEI FILE E NON A CARICO DEI RISPETTIVI AUTORI DI QUESTI. 

La copia e la distribuzione del presente pacchetto, se non si apportano 
modifiche o prodotti derivati, e'  subordinata all'accettazione delle condizioni 
summenzionate, e al rispetto dei termini e delle condizioni sottoelencati:

1. Se si include la completa documentazione, specialmente il documento NOTICE, 
in cio' che si intende distribuire, o se si forniscono chiare indicazioni su 
dove e' possibile ottenere una copia della documentazione; e 
   
2. Se si forniscono, dove necessario, i dovuti riferimenti citando in maniera 
appropriate la versione e gli autori; e 
   
3. Se non si lasca in alcun modo intendere che gli autori originali vogliano 
fornire una garanzia di alcun tipo.
   
Inoltre, e' possibile modificare il presente pacchetto e creare prodotti 
derivati alle seguenti condizioni: 

4. Se si fornisce una documentazione esaustiva di cosa deferisce dalla 
versione originale di RasMol e come; e 
   
5.Se si rende disponibile la fonte del codice modificato. 



?old
?oldnotice
?rasmol v2.6 notice
RasMol V2.6 Notice
La seguente nota si riferisce alla versione diRasMol V 2.6 ed a quelle 
precedenti. 

Le informazioni contenute nel presente documento sono soggette a modifiche 
senza preavviso e cio' non comporta alcun obbligo da parte del fornitore. Il 
presente pacchetto viene venduto/distribuito a condizione che, non sia 
noleggiato, rivenduto o dato in prestito, mediante azioni commerciali o altra 
forma, o altrimenti fatto circolare senza il consenso del fornitore, in 
nessun'altra forma di pacchetto o copertina diversa da quella originaria. 


Non e' consentito riprodurre parti del presente manuale o del software di 
accompagnamento, conservato su sistemi di ricerca sia di tipo ottico sia di 
tipo magnetico, nastro o altro supporto, o trasmesso in qualsiasi forma o modo, 
elettronico, meccanico, fotocopie,  o altro se non per uso strettamente 
personale. 

Il presente prodotto non puo' essere usato nella progettazione, manutenzione, 
costruzione, operativita' o uso di impianti nucleari, ne' per il volo, in 
navigazione o come attrezzatura di supporto da terra per la per comunicazione 
fra aerei. l'autore non sara' responsabile, integralmente o in parte, per le 
rivendicazioni o per i danni derivanti da tali usi, incluso morte, bancarotta 
o guerra.
 

?iucrpolicy
?iucr policy
?iucr policy
IUCR Policy
La politica diIUCr per la Protezione e la Promozione del File STAR  e degli 
Standard CIF per l' Exchanging and Archiving Electronic Data 

Premessa 

Il File di Informazione Cristallografica (CIF)[1] e' uno standard per lo 
scambio di informazioni promulgate dalla International Union of 
Crystallography (IUCr). CIF (Hall, Allen & Brown, 1991) e' il metodo 
raccomandato per sottomettere pubblicazioni alla Acta Crystallographica 
Section C, e report di determinazioni cristallografiche ad altre sezioni 
dell'Acta Crystallographica ed a molte altre riviste. La sintassi di un CIF 
e' un sottoinsieme del formato piu' generale STAR File[2]. Il CIF ed il File 
STAR sono gli standard sempre piu' usati nelle scienze strutturali per lo 
scambio di dati e per l'archiviazione, e possiamo ritenere di aver dato un 
contributo significativo su questi argomenti in altri campi. 

Dichiarazione di intento

L'interesse della IUCr nel File STAR e' uno standard per lo scambio 
universale di dati per la scienza, e il suo interesse nel CIF, un 
formato derivato del File STAR, e' uno standard per l'archiviazione e lo 
scambio di dati della cristallografia e della scienza strutturale.

Protezione degli standard 

Per proteggere il File STAR e i CIF come standard per lo scambio e 
l'archiviazione di dati elettronici, la IUCr, per conto della comunita' 
scientifica,

 * detiene i diritti di autore (copyrights) sugli standard stessi, 

 * possiede i trademarks ssociati ed i marchi di servizi, e 

 * detiene un brevetto sul File STAR. 

Questi diritti sulla proprieta' intellettuale si riferiscono solamente ai
formati di interscambio, e non ai dati contenuti in essi o nel software 
usato per la creazione, accesso o manipolazione di dati. 

Promozione degli standard  

La IUCr, in veste di garante, impone in caso di vendita o distribuzione 
di software che supportano File STAR o dati CIF, il rispetto delle 
seguenti condizioni: 

 * I Software che dichiarano di leggere file scritti per gli standard 
di File STAR o CIF devono essere in grado di estrapolare i dati 
pertinenti da un file che sia in conformita' con la sintassi dei 
rispettivi File STAR o CIF. 

 * I Software che dichiarano di scrivere file per gli standard di File 
STAR o CIF, devono produrre file che siano in conformita' con la sintassi 
dei rispettivi File STAR, o CIF. 

 * I Software che dichiarano di leggere le definizioni tratte da un 
dizionario di dati specifici approvato dalla IUCr devono essere in grado 
di estrarre ogni definizione pertinente in conformita'  con la lingua di 
definizione del dizionario (DDL)[3] ad esso associata. 

La IUCr, attraverso il suo Comitato sugli standard CIF, dara' assistenza 
a chiunque sviluppi software al fine di rendere possibile il rispetto 
delle summenzionate condizioni. 

Glossario  

[1] CIF: e' un file di dati che e' in conformita' con la sintassi di file 
definita alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/index.html 

[2] STAR File: e' un file di dati che e' in conformita' con la sintassi 
di file definita alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/star/index.html 

[3] DDL: e' la lingua usata in un dizionario di dati per definire to voci 
di dati in terminidi "attributi". I dizionari ad oggi approvati dalla 
IUCr, e le versioni DDL usate per la creazione dei dizionari stessi, sono 
elencate alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/ddl/index.html 

Ultima modifica: 30 September 2000 

La politica della IUCR sui Copyright (C) 2000 International Union of 
Crystallography 

?cbflib
CBFLIB
La seguente nota di reclamo si riferisce alla versione CBFlib V0.1, 
da cui deriva in parte il presente codice. 

* I materiali qui forniti sono stati sviluppati grazie al patrocinio 
del Governo degli Stati Uniti. Ne' gli Stati Uniti, ne' il U.S. D.O.E., ne' 
l'Universita' Leland Stanford Junior, ne' i suoi impiegati, offrono alcuna 
garanzia, implicita o esplicita, o si assumono alcuna responsabilita' 
legale o di qualunque altro tipo riguardo alla accuratezza, esaustivita' 
o utilita' di ogni informazione, apparato, prodotto o processo, ne' 
dichiara che il suo uso non potra' infrangere i diritti pivatamente 
acquisiti. Il riferimento a qualsiasi prodotto, al suo produttore 
o fornitore non implica, ne' intende implicare approvazione o 
disapprovazione o efficacia d'uso. Gli Stati Uniti e l'Universita' 
manterranno sempre il diritto di usare e diffondere i prodotti per 
qualunque scopo. 


Notia 91 02 01 

?cifparse
CIFPARSE
Parti di questo software sono liberamente basate sul pacchetto 
software CIFPARSE dalla NDB della Rutgers University. Vedi: 

 http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software 

CIFPARSE e' parte dell'applicazione NDBQUERY, un componente del programma 
per il  Nucleic Acid Database Project [ H. M. Berman, W. K. Olson, 
D. L. Beveridge, J. K. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S. H. Shieh, 
A. R. Srinivasan, e B. Schneider. (1992). Nucleic Acid Database: 
A Comprehensive Relational Database of Three-Dimensional Structures of 
Nucleic Acids Biophys J., 63, 751-759.], la cui cooperazione e' fortemente 
riconosciuta, specialmente nella forma dei concetti di design creati da 
J. Westbrook. 

Si prega di assicurarsi che la seguente nota sia presente in CIFPARSE 
API: 

Questo programma viene fornito SENZA GARANZIA DI COMMERCIABILITA' O DI 
ADEGUATEZZA PER SCOPI PARTICOLARI E SENZA ALCUN'ALTRA GARANZIA, ESPRESSA 
O IMPLICITA. LA RUTGERS NON AFFERMA O GARANTISCE CHE IL SOFTWARE NON 
POSSA INFRANGERE I DIRITTI DI AUTORE O ALTRI DIRITTI DI PROPRIETA.


RasMol e' un programma di grafica molecolare che permette la 
visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Questo 
programma e' stato ideato per rendere possibile la visualizzazione, e la 
produzione di immagini a scopo didattico e di divulgazione. RasMol e' 
compatibile con i seguenti sistemi operativi e architetture: Microsoft 
Windows, Apple Macintosh, sistemi UNIX e VMS.  Le versioni UNIX e VMS 
richiedono un display X Windows a 8, 24 o 32 colori (X11R4 o successivo). 
La versione X Windows di RasMol fornisce supporto opzionale per finestra 
di dialogo in hardware e comunicazione mediante memoria condivisa e  
accellerata. (via XInput e le estensioni di MIT- SHM) se queste sono 
disponibili nell' X Server 
in uso.

Il programma legge file di coordinate molecolari e mostra interattivamente 
la molecola su schermo in una serie di schemi di colori e di 
rappresentazioni molecolari. I file di entrata includono, specificamente, 
i formati Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos Associates' Alchemy 
y Sybyl Mol2, Molecular Design Limited's (MDL) Mol, Minnesota 
Supercomputer Centre's (MSC) XYZ (XMol), CHARMm, formato CIF e archivi 
mmCIF. Se non e' contenuta in archivio l'informazione sul collegamento, 
RasMol la calcolera' automaticamente. Le rappresentazioni attualmente 
disponibili includono i fili di ferro depth-cued, cilindri ' Dreiding ', 
sfere da riempire (CPK), sfere e clindri, solidi e nastri biomolecolari, 
le  etichette dell'atomo e le superfici punteggiate.

Fino a 5 molecole possono essere caricate e visualizzate immediatamente.
Qualsiasi o tutte le molecole puo' essere ruotata e spostata.

Si puo' accedere alla sezione di RasMol help digitando "help <topic>" o 
"help <topic> <subtopic>" dalla command line. Per accedere alla lista 
completa dei comandi di RasMol occorre digitare "help commands", oppure 
semplicemente "help", in modo abbreviato. Si prega di leggere le note 
riportate nella sezione "help notices". 

RasMol Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999
Version 2.6x1 Mods Copyright (C) Arne Mueller 1998
Version 2.5-ucb, 2.6-ucb Mods
  Copyright (C) UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996
RasTop 1.3 Copyright (C) Philippe Valadon 2000
Version 2.7.0. 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2, 2.7.2.1 Mods
  Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001
  (yaya@bernstein-plus-sons.com)


?commands
?keywords

Il programma permette l'esecuzione dei comandi interattivi digitati al 
prompt di RasMol nella finestra in uso. Ogni comando va dato su un 
singolo rigo e deve terminare o con un trattino o con un invio. Le 
parole-chiave si possono digitare indifferentemente con caratteri in 
maiuscolo o in minuscolo. Tutti gli spazi bianchi sono ignorati, eccetto 
quelli che separano la parola-chiave dagli argomenti di un comando. 


Di seguito sono riportati i comandi/parole-chiave attualmente 
riconosciuti dal programma. Per ulteriori informazioni sulle singole 
funzioni di RasMol e' necessario digitare "help <command>".

    backbone     background   bond         cartoon      centre
    clipboard    colour       connect      cpk          define
    depth        dots         echo         english      exit
    french       hbonds       help         italian      label
    load         molecule     monitor      pause        print
    quit         refresh      renumber     reset        restrict
    ribbons      rotate       save         script       select
    set          show         slab         source       spacefill
    spanish      ssbonds      star         stereo       strands
    structure    trace        translate    unbond       wireframe
    write        zap          zoom


?backbone
Backbone
Syntax:  backbone {<boolean>}
         backbone <value>
         backbone dash

Il comando 'backbone' permette la rappresentazione della sequenza di 
un polipeptide come una serie di legami che connettono i carboni alfa 
adiacenti di ciascun aminoacido in una catena. La visualizzazione di 
questi legami viene attivata e disattivata con il parametro del comando 
allo stesso modo del comando fili di ferro ( 'wireframe'). Il comando 
'backbone off' disattiva la visualizzazione del legame selezionato , e 
con 'backbone on' o un numero, invece, si attiva. Il numero puo' essere 
utilizzato per specificare il raggio del cilindro della rappresentazione 
sia in  Angstrom sia in unita' RasMol .  Un valore di parametro di 500 
(2.0 Angstroms) o maggiore invia un messaggio di errore: "Parameter 
value too large" (valore di parametro troppo alto: errore). 
Per colorare gli elementi dello scheletro (Backbone) si utilizza 
il comando di RasMol 'colour backbone'. 

Backbone si usa anche come uno dei gruppi predefiniti ("help sets") e 
come parametro per i comandi  'set hbond' e 'set ssbond'. Il comando di 
RasMol  'trace'  produce uno scheletro dalla superfice liscia, in 
contrasto con 'backbone' che collega carboni con linee rette. 

La struttura 'backboneo/oo rappresentata sotto forma di trattini si puo' 
visualizzare con il comando 'backbone dash'. 



?background
Background
Syntax:  background <colour>

The RasMol 'background' command is used to set the colour of the 
"canvas" background. The colour may be given as either a colour name 
or a comma separated triple of Red, Green and Blue (RGB) components 
enclosed in square brackets. Typing the command 'help colours' will 
give a list of the predefined colour names recognised by RasMol. When 
running under X Windows, RasMol also recognises colours in the X 
server's colour name database. 

The 'background' command is synonymous with the RasMol 'set background' 
command. 

?bond
Bond
Syntax:  bond <number> <number> +
         bond <number> <number> pick
         bond rotate {<boolean>}

Il comando di RasMol 'bond <number> <number> +' aggiunge il legame indicato
all' illustrazione, aumentante l' ordine schiavo se il legame gia' esiste.
Il comando 'bond <number> <number> pick' seleziona i due atomi specificato
dai numeri di serie dell' atomo come le due estremita' d'un legame
intorno a cui il comando 'rotate bond <angle>' sara' applicato. Se nessun
legame esiste, e' creato.

La rotazione intorno ad un legame precedentemente selezionato puo' essere
specificata dal comando 'rotate bond <angle>', o puo' anche essere gestita
con il mouse, usando il comando 'bond rotate on/off' o icomandi equivalenti
'rotate bond on/off'. 

?cartoon
Cartoon
Syntax:  cartoon {<number>}

Il comando di RasMol 'cartoon'(vignetta) visualizza una molecola in 
'ribbons' (nastri) secondo il modello (MolScript) di Richardson 
'cartoons', rappresentato come nastri spessi. Il modo piu'semplice per 
ottenere la vignetta (cartoon) di una proteina e' quello di usare 
l'opzione 'Cartoons' dal menu' 'Display'. Il comando 'cartoon' 
rappresenta i residui al momento selezionati sotto forma di nastro 
spesso con una ampiezza specificata dall'argomento del comando. Se si 
usa il comando senza dare un parametro, l'ampiezza del nastro viene 
determinata dalla struttura secondaria della proteina, come descritta 
nel comando 'ribbons'. Per default, i terminali C della catena beta 
vengono visualizzati come teste di frecce. Per attivarli o disattivarli 
si usa il comando  'set cartoons'. Per regolare la profondita' si usa 
invece il comando 'set cartoons <number>'. Il comando 'set cartoons' 
usato senza parametri riporta queste due opzioni per default al loro 
valore iniziale.  
 
?center
?centre
Centre
Syntax:  centre {<expression>} {translate|center}
         center {<expression>} {translate|center}
         
Il comando di RasMol 'centre' definisce il punto attorno al quale con 
il comando 'rotate' e le barre di spaziamento si fa ruotare la molecola 
in oggetto. Senza un parametro il comando centre ripistina il centro di 
rotazione al centro di gravita' della molecola. Se si specifica una 
espressione di atomo, RasMol fa ruotare la molecola attorno al centro 
di gravita' del gruppo di atomi specificati dall'espressione. Quindi, se 
l'espressione specifica un singolo atomo, quest'ultimo restera' 
'immobile' durante la rotazione. 

Per maggiori informazioni sulle espressioni in RasMol si rimanda su  
'help expression'. 

In alternativa, per ottenere un centro di rotazione e' possibile 
indicare i tre valori separati dalla virgola ed in parentesi quadra 
[CenX, CenY, CenZ] in unita' RasMol  (1/250 di  Angstrom) dal centro 
di  gravita'. 

Le forme facoltative 'centre ... translate'' e 'centre ... center puo'
essere usato per specificare l' uso d'un centro spostato di rotazione
(non necessariamente nel centro della tela di canapa) o un centro di
rotazione che e'disposta al centro della tela di canapa.  Cominciando
da RasMol 2.7.2, il difetto deve concentrarsi il nuovo asse sulla tela
di canapa.  

?clipboard
Clipboard
Syntax:  clipboard

Il comando di RasMol 'clipboard' invia una copia dell'immagine in uso sul 
'clipboard' della grafica locale. Il comando, tuttavia, non si puo' ancora 
utilizzare su UNIX o macchine VMS. E' stato ideato per semplificare il 
trasferimento di immagini tra applicazioni in  Windows o Apple Macintosh.
 
Se si usa RasMol su sistemi UNIX o VMS e' possibile ottenere questa funzione 
generando una immagine raster in un formato che il ricettore del programma 
puo' leggere con il comando di RasMol  'write'. 
 

?color
?colour
Colour
Syntax:  colour {<object>} <colour>
         color {<object>} <colour>
         
Questo comando rende possibile l'assegnazione di un colore ad un atomo o 
ad altri oggetti dell'area selezionata. Il colore viene assegnato sia 
definendo il nome del colore sia la componente tripla di tre colori Rosso 
Verde e Azzurro (RVA) separati da una virgola in parentesi quadra. Il 
comando 'help colours' fornisce la lista di tutti i nomi dei colori 
predefiniti che sono riconosciuti da RasMol. 

Gli oggetti che si possono colorare sono 'atomi', 'bonds',(legami) 
'backbone',(scheletro) 'ribbons', (nastri) 'labels'( etichette), 'dots', 
( punti) 'hbonds' (legami h) e  'ssbonds' (legami ss). Se non si specifica 
alcun oggetto, il programma per default sceglie come parola atomo. Alcuni 
tipi di oggetti hanno uno schema di colori definito. Lo schema 'none' 
(nessuno) si puo' applicare a tutti gli oggetti eccetto atomi e punti, e 
dunque gli oggetti selezionati non hanno un colore proprio, ma assumono il 
colore dei loro atomi associati.  (cioe'  gli  atomi a cui si collegano). 
Gli oggetti 'Atom' (atomo) possono anche essere colorati tramite 'alt', 
'amino', 'chain', 'charge', 'cpk', 'group', 'model', 'shapely', 'structure', 
'temperature' o 'user', mentre con 'type' si possono anche colorare i legami 
di idrogeno, e con 'electrostatic potential' le superfici punteggiate. 
Per maggiori informazioni selezionare 'help colour <colour>'. 



?connect
Connect
Syntax:  connect {<boolean>}

Il comando di RasMol 'connect' si usa per chiedere al programma di 
(ri)calcolare la connettivita' della molecola in uso. Cio' automaticamente 
scartera' le informazioni sulla connettivita' contenute nel file di entrata. 
Il comando 'connect false' utilizza un algoritmo euristico che e' idoneo a 
determinare i legami in biomolecole ampie come come proteine e acidi 
nucleici. Il comando "connect true" utilizza un algoritmo piu' lento che si 
basa su raggi covalenti e che e' piu' indicato per molecole piccole che  
contano elementi  inorganici o anelli sforzati. Se non viene fornito alcun
parametro, RasMol determina quale  algoritmo usare basandosi sul numero di 
atomi nel file. Con un numero di atomi maggiore di 255 RasMol ricorre alla 
implementazione piu' veloce. Questo e' il metodo usato per determinare i 
legami, se necessario, quando una molecola viene inizialmente letta 
utilizzando il comando 'load'. 
 


?define
Define
Syntax:  define <identifier> <expression>

Il comando di RasMol 'define' permette all'utente di associare un gruppo 
di atomi arbitrario con un unico identificatore. Cio' permette la 
definizione di gruppi definiti dall'utente. Questi gruppi sono dichiarati 
staticamente, cioe' una volta definiti i contenuti del gruppo non cambia, 
anche se l'espressione che li definisce dipende dalla attuale 
trasformazione e rappresentazione della molecola.  

?depth
Depth
Syntax:  depth {<boolean>}
         depth <value>

Il comando di RasMol 'depth' attiva, disattiva o posiziona il piano
indietro-clipping della molecola.  Il programma dissipa soltanto quelle
parti della molecola che sono piu' vicino al visore quel la sezione di taglio.
Il numero intero stima la gamma da zero molto al posteriore della molecola a
100 che e' completamente davanti la molecola. I valori intermedi determinano
la percentuale della molecola da dissipare.

Questo comando si interagisce con il comando 'slab <value>', che ferma alla
parte davanti una data sezione di z-clippingg. 


?dot surface
?surface
?dots
Dots
Syntax:  dots {<boolean>}
         dots <value>
         
Il comando di RasMol 'dots' si usa per generare una superficie punteggiata  
van der Waals attorno all'atomo al momento selezionato. Le superfici 
punteggiate visualizzano punti intervallati da spazi regolari su una sfera 
del raggio di van der Waals su ogni atomo selezionato. I punti che si 
trovano all'interno del raggio di  van der Waals di qualsiasi atomo 
(selezionato o no) non vengono visualizzati.  Il comando  'dots on' 
cancella una qualsiasi superficie punteggiata esistente e genera una 
superficie punteggiata attorno all'atomo al momento selezionato con una 
densita' di punti pari a 100 per default. Il comando 'dots off' cancella 
ogni superficie punteggiata esistente. E' possibile stabilire l'intensita' 
numerica dei pnti fornendo un parametro numerico tra 1 e 1000. Questo 
valore corrisponde approssimativamente al numero di punti presenti sulla 
superficie di un atomo di grandezza media.  

Per default, il colore di ogni punto sulla superficie punteggiata 
corrisponde a quelo dell'atomo piu' vicino. Per cambiare il colore 
dell'intera superficie punteggiata si utilizza il comando 'colour dots'. 

?echo
Echo
Syntax:  echo {<string>}

Il comando di RasMol 'echo' si usa per visualizzare un messaggio nella 
finestra dei comandi di RasMol. Il parametro della stringa si puo' 
delimitare in caratteri separati dalle doppie virgole. Se non si 
specifica alcun parametro, il comando 'echo' visualizza una riga 
bianca. Questo comando e' particolarmente utile per visualizzare testi 
dall'interno di un file 'script' di RasMol. 
 

?english
English
Syntax:  English

Il comando di RasMol 'English' riporta i menu' ed i messaggi nella versione 
in lingua inglese.  I comandi 'French', 'Italian' e 'Spanish' possono
essere usati per selezionare i menu ed i messaggi francesi, italiani e
spagnoli.

?french
French
Syntax:  French

Il comando di RasMol 'French' riporta i menu' ed i messaggi nella versione 
in lingua francese.  I comandi 'English', 'Italian' e 'Spanish' possono
essere usati per selezionare i menu ed i messaggi inglesi, italiani e
spagnoli. 


?hbond
?hbonds
HBonds
Syntax:  hbonds {<boolean>}
         hbonds <value>
         
Il comando di RasMol 'hbond' si usa per rappresentare il legame di 
idrogeno del backbone (scheletro) della molecola di proteina. Questa 
informazione e' utile per stabilire la struttura secondaria della proteina. 
I legami di idrogeno sono rappresentati sia in linee punteggiate sia in 
cilindri tra i residui del donatore e del ricevente. La prima volta che si 
usa il comando  'hbond', il programma ricerca la struttura della molecola 
per trovare i residui legati all'idrogeno per poi riportare il numero di 
legami all'utente. Il comando  'hbonds on' visualizza i legami selezionati 
come linee punteggiate, e  'hbonds off' ne elimina la visualizzazione. Per 
determinare il colore di tali ogetti si utilizza il comando 'colour hbond' 
command. Inizialmente, ogni legame di idrogeno assume il colore degli 
atomi a cui e' connesso.  

Per default le linee punteggiate sono disegnate tra l'ossigeno ricevente e 
il nitrogeno donante. Utilizzando il comando  'set hbonds' si possono 
invece usare le posizioni dell'alfa carbonio degli appropriati residui. Cio' 
e' particolarmente utile quando si esaminano le proteine nella loro struttura 
scheletrica. 

?help
Help
Syntax:  help {<topic> {<subtopic>}}
         ? {<topic> {<subtopic>}

Il comando di RasMol 'help' fornisce aiuto on-line sull'argomento richiesto. 

?italian
Italian
Syntax:  Italian

Il comando di RasMol 'Italian' riporta i menu' ed i messaggi nella versione 
in lingua italiana.  I comandi 'English', 'French' e 'Spanish' possono
essere usati per selezionare i menu ed i messaggi inglesi, francesi e
spagnoli. 



?labels
?label
Label
Syntax:  label {<string>}
         label <boolean>

Il comando di  RasMol 'label' consente la formattazione arbitraria di una 
stringa di testo da associare ad ogni atomo selezionato al momento. Questa 
stringa puo' contenere, gia' inseriti, 'expansion specifiers' (specificatori 
di espansione) che visualizzano le proprieta' dell'atomo che viene 
etichettato. Uno specificatore di estensione consiste in un carattere '%' 
seguito da un singolo carattere alfabetico che specifica la proprieta' da 
visualizzare  (come per la sintassi printf di C). Si puo' visualizzare un 
carattere  '%' reale utilizzando lo specificatore di espansione '%%'. 

Con il comando 'label off' si disattivano le etichette assegnate agli atomi 
al momento selezionati. Per default, se non si fornisce alcuna stringa come 
parametro, RasMol utilizza le etichette appropriate per la molecola attuale. 

Con il comando 'colour label' e' possibile cambiare il colore di ogni 
etichetta. Per  default, ogni etichetta assume il colore dell'atomo a cui 
si riferisce. Per modificare le dimensioni e la spaziatura del testo si usa 
il comando 'set fontsize' command. Lo spessore dei tratti nel testo 
visualizzato puo' essere modificato con il comando 'set fontstroke.


Per consultare la lista di specificatori di espansione, digitare "help 
specifiers". 

?expansion
?specifiers
?expansion specifiers
?label specifiers
Label Specifiers

Gli specificatori di etichette sono sequenze di caratteri inclusi nella 
stringa del parametro dato al comando di RasMol 'label'. Questi 
specificatori vengono poi descritti quando si richiamano le etichette per 
visualizzare le proprieta' associate all'atomo che si vuole etichettare. 
La seguente tabella elenca gli attuali specificatori di espansione. Lo 
specificatore '%%'fa eccezione rispetto agli altri e viene visualizzato 
come singolo carattere '%'. 

    %a      Atom Name
    %b %t   B-factor/Temperature
    %c %s   Chain Identifier
    %e      Element Atomic Symbol
    %i      Atom Serial Number
    %n      Residue Name
    %r      Residue Number
    %M      NMR Model Number (with leading "/")
    %A      Alternate Conformation Identifier (with leading ";")


?load
Load
Syntax:  load {<format>} <filename>

Per caricare un file di coordinate molecolari in RasMol: i formati file di 
molecole validi sono 'pdb' (Protein Data Bank format), 'mdl' (Molecular 
Design Limited's MOL file format), 'alchemy' (Tripos' Alchemy file format), 
'mol2' (Tripos' Sybyl Mol2 file format), 'charmm' (CHARMm file format), 
'xyz' (MSC's XMol XYZ file format), 'mopac' (J. P. Stewart's MOPAC file 
format) o 'cif' (IUCr CIF or mmCIF file format). Se non e' specificato alcun 
formato, il programma per default assegns 'PDB', 'CIF', o 'mmCIF'. Si 
possono caricare piu' molecole alla volta, fino ad un massimo di 5. Il 
comando di RasMol 'zap' si utilizza per cancellare una molecola prima di 
caricarne un'altra, mentre  'molecule <n>' seleziona la molecola che si 
desidera manipolare.  

Il comando 'load' seleziona tutti gli atomi nella molecola, la centra sullo 
schermo e la rende secondo il modello wireframe colorato in CPK. Se la 
molecola non contiene legami (cioe' contiene solo carboni alfa), questa viene 
rappresentata come scheletro (backbone)  carbonio alfa. Se il file specifica 
un numero di legami inferiore a quello degli atomi, il programma 
autodetermina la connettivita' utilizzando il comando  'connect'. 

Il comando 'load inline' consente anche di archiviare le coordinate 
dell'atomo in script per facilitare l'integrazione con i browser WWW.  Un 
comando load eseguito in un file di script puo' specificare la parola-chiave 
'inline' invece del nome di file convenzionale. Questa opzione specifica 
che le coordinate della molecola da caricare sono archiviate nello stesso 
file che sta al momento eseguendo i comandi.  

?molecule
Molecule
Syntax:  molecule <number>

Il comando di  RasMol 'molecule' seleziona una di fino a 5 molecole
precedentemente caricate per manipolazione attiva. Mentre tutti i molcules
sono visualizzati e possono essere ruotati collettivamente (vedere il comando
'rotate all'), solo una molecola alla volta cronometra e' attiva per
manipolazione dai comandi che gestiscono i particolari di rappresentazione. 

?monitor
Monitor
Syntax:  monitor <number> <number>
         monitor {<boolean>}
         
Il comando di RasMol 'monitor' consente la visualizzazione di indictori di 
distanza (distance monitor). Un distance monitor e' una linea tratteggiata 
(punteggiata) tra una coppia qualsiasi di atomi, opzionalmente etichettata 
con la distanza che li separa.  Il comando di RasMol 'monitor <number> 
<number>' attiva il distance monitor tra i due atomi specificati dai 
numeri di serie dell'atomo, indicati come parametri.  

Gli indicatori di distanza (Distance monitors) si attivano o disattivano 
con il comando  'monitors off'. Per default, gli indicatori visulaizzano 
la distanza tra i due punti estremi come una etichetta al centro 
dell'indicatore. Queste etichette si attivano o disattivano con il comando 
'set monitors on' e'set monitors off'. Come avviene per molte altre 
rappresentazioni, il colore dell'indicatore deriva da quello dei due punti
estremi. E' possibile modificarlo con il comando 'colour monitors'.

I distance monitors si possono aggiungere interattivamente ad una molecola 
con il mouse, utilizzando il comando  'set picking monitor'. Un click del 
mouse su un atomo lo identifica sulla command line di RasMol. Inoltre, 
ogni atomo selezionato con un click  incrementa un modulo contatore in modo 
che, ogni secondo atomo visualizza la distanza tra questo ed il precedente. 
Il tasto Maiuscolo (shift) puo' servire per formare indicatori di distanza 
tra un dato atomo e molte altre posizioni. Per rimuovere un distance monitor 
occorre selezionare una seconda volta la coppia di atomi unita 
dall'indicatore.


?pause
Pause
Syntax:  pause
         wait
         
Il comando di RasMol 'pause' si usa in file di script per bloccare 
temporaneamente  la manipolazione locale con il mouse, per poi ripristinarla 
digitando un tasto qualsiasi della tastiera. Il tasto 'Wait' e' sinonimo di 
'pause'. Questo comando si puo' eseguire in file di script di RasMol per 
sospendere la sequenza di comandi dati in modo da consentire all'utente 
di esaminare l'immagine corrente. Quando RasMol esegue un comando  'pause' 
in un file di  script, il programma sospende l'esecuzione del resto del file, 
rinnova l'immagine sullo schermo e ne permette la manipolazione con il mouse 
e con le barre di spaziamento, o ridimensionando la finestra grafica. Una 
volta battuto un tasto, il controllo  ritorna al file di script alla linea 
che segue il comando  'pause'. Quando lo script e' in pausa tutti i comandi 
sono disattivati, ma la molecola puo' ugualmente ruotare, traslare, scalare, 
essere selezionata e orientata lungo il piano di sezione (slab). 

?print
Print
Syntax:  print

Il comando di RasMol 'print' invia l'immagine in uso alla stampante locale 
prestabilita, se non e' specificata un'altra. Nota: questo comando non e' 
ancora supportato in ambiente  UNIX o VMS. Si fa ricorso ai driver di 
stampanti di Microsoft Windows e Apple Macintosh. Per esempio, le immagini 
si possono stampare direttamente su una stampante a matrice di punti.
 
Quando si usa RasMol in ambiente UNIX o su sistemi VMS  questa funzionalita' 
si puo' ottenere generando un file in formato PostScript con i comandi di  
RasMol 'write ps' o 'write vectps'  e poi stampa, oppure generando un file 
di immagine raster e usando un programma di servizio (utility) per stamparlo 
sulla stampante locale. 
 

?exit
?quit
Quit
Syntax:  quit
         exit

Per uscire dal programma: i comandi di RasMol  'exit' e 'quit' sono sinonimi, 
eccetto quando si e' negli script a catena (nested). In questo caso, 'exit' 
termina solo il livello corrente, mentre 'quit' termina tutti gli  altri 
livelli.  


?refresh
Refresh
Syntax:  refresh

Il comando di RasMol 'refresh' ridisegna l'immagine corrente. Cio' e' utile 
negli script per assicurare l'attuazione di una lista completa di cambiamenti 
di parametri.  
 

?renum
?renumber
Renumber
Syntax:  renumber {{-} <value>}

Il comando di RasMol 'renumber' numera in sequenza i residui in una catena 
macromolecolare. Il parametro opzionale specifica il valore del primo 
residuo nella sequenza. Per default, questo valore e' uno. Per le proteine, 
ogni aminoacido e' numerato consecutivamente dal terminale N fino a  C. Per 
gli acidi nucleici ogni base e' numerata dal terminale 5' terminus al 
terminale 3'. Tutte le catene nel database corrente sono rinumerate e gli 
spazi nella sequenza originale sono ignorati. Il valore per la numerazione 
puo' essere negativo. 
 

?reset
Reset
Syntax:  reset

Il comando di RasMol 'reset' ripristina la trasformazione dell'immagine 
originale ed il centro di rotazione. La scala di valore e' per default 'zoom 
100', il centro di rotazione si trova al centro geometrico della molecola 
attualmente caricata; con 'centre all' questo centro si sposta al centro 
dello schermo ed il punto di osservazione resta per default quello stabilito 
inizialmente.  

Questo comando non va confuso con quello di RasMol 'zap' che invece cancella 
la molecola attualmente archiviata, e riporta il programma al suo stato 
iniziale.
  

?restrict
Restrict
Syntax:  restrict {<expression>}

Il comando di RasMol 'restrict' definisce l'area della molecola attualmente 
selezionata e disabilita contemporaneamente la rappresentazione di quelle 
parti della molecola (quasi la maggioranza) che non sono state piu' 
selezionate. Tutti i comandi di RasMol successivi, che modificano il colore 
di una molecola o la sua rappresentazione, rispondono solo sull'area 
selezionata al momento.  Il parametro di un comando 'restrict' e' una 
espressione di atomo di RasMol che viene valutata pero ogni atomo della 
molecola in uso. Questo comando e' molto simile al comando di RasMol 'select', 
ma differisce da  'restrict' perche' quest'ultimo disabilita le 
rappresentazioni  'wireframe', 'spacefill' e 'backbone' nell'area non selezionata. 

Per maggiori informazioni sulla espressione di un atomo in RasMol, digitare 
'help expressions'. 


?ribbon
?ribbons
Ribbons
Syntax:  ribbons {<boolean>}
         ribbons <value>
         
Il comando di RasMol 'ribbons' (nastri) visualizza la proteina attualmente 
caricata o l'acido nucleico come un nastro "ribbon" solido e dalla superficie 
liscia che passa lungo lo scheletro della proteina. Il nastro si visualizza 
tra gli aminoacidi dei carboni alfa selezionati. E' possibile modificare 
il colore del nastro con il comando di RasMol 'colour ribbon'. Se il colore 
del nastro e' 'none' (come per default), il colore che assume deriva dal 
carboni alfa in ciascuna posizione per la sua lunghezza. 

L' ampiezza del nastro in ogni posizione e' determinata dal parametro 
opzionale nelle unita' di RasMol. Per default l'ampiezza del nastro deriva 
dalla struttura secondaria della proteina o un valore costante di 270  
(2.88 Angstroms) per acidi nucleici. L'ampiezza delle eliche dell'alfaproteina 
e dei foglietti beta  e' per  default  380 (1.52 Angstroms) e 100 
(0.4 Angstroms) per i giri e bobina casuale. L'assegnazione della struttura 
secondaria deriva o dal file PDB o viene calcolata utilizzando l'algoritmo 
DSSP come per il comando 'structure'. Questo comando e' simile al comando di 
the RasMol 'strands' che rende il nastro biomolecolare come curve depth-cued 
parallele.  

?rotate
Rotate
Syntax:  rotate <axis> {-} <value>

La rotazione della molecola su assi specifiche. I valori consentiti per il 
parametro di asse sono"x", "y" e "z". Il valore intero stabilisce in gradi 
l'angolo su cui la struttura deve ruotare. Per le assi X e Y , i valori 
positivi partono rispettivamente dal punto piu' vicino in alto a destra, ed i 
valori negativi in basso a sinistra. Per le assi  Z , una rotazione positiva 
avviene in senso orario, negativa in senso antiorario. 


?save
Save
Syntax:  save {pdb} <filename>
         save mdl <filename>
         save alchemy <filename>
         save xyz <filename>
         
Il comando 'saveo/oo riguarda il gruppo di atomi al momento selezionato in un 
file Protein Data Bank (PDB), MDL, Alchemy (tm) o XYZ. La differenza esistente 
tra questo comando ed il comando di RasMol 'write' e' stata eliminta, eccetto 
che senza uno specificatore di formato 'save'  crea un file "PDB", mentre 
'write' genera una immagine "GIF".



?source
?scripts
?script
Script
Syntax:  script <filename>

Il comando di RasMol 'script' legge un gruppo di comandi di RasMol in 
sequenza da un file di testo e li esegue. Cio' consente di memorizzare le 
sequenze di comandi comunemente usati e di richiamarli con un singolo comando. 
Un file RasMol di  script puo' contenere un ulteriore comando arrivando ad una 
'profondita'' massima di  10, il che consente di effettuare complicate 
sequenze di azioni. RasMol ignora tutti i caratteri dopo il primo '#' su ogni 
rigo per poter annotare gli script. I file di script sono spesso annotati 
anche con il comando di RasMol 'echo'. 

Il modo piu' comune di generare un file di script in  RasMol e' quello di usare 
i comandi  'write script' o 'write rasmol' per produrre la sequenza di comandi 
che sono necessari per generare l'immagine attuale, la rappresentazione ed 
il colore della molecola attualmente visualizzata.  

Il comando di RasMol 'source' e' sinonimo del comando 'script'. 

?select
Select
Syntax:  select {<expression>}

Definisce l'area selezionata della molecola. Tutti i comandi successivi di 
RasMol che manipolano una molecola o ne modificano il colore o la  
rappresentazione riguardano soltanto l'area selezionata. Il parametro di un 
comando select e' una espressione RasMol interpretata per ogni atomo della 
molecola sulla quale si sta operando. La parte della molecola attualmente 
selezionata (attiva) riguarda quegli atomi che determinano l'interpretazione 
della espressione come vera. Per definire la molecola intera si utilizza il 
comando di RasMol select all. Il comportamento del comando 'select' privo 
di parametri e' determinato da rasMol con i parametri  'hetero' e 'hydrogen'. 

Per maggiori informazioni sulle espressioni dell'atomo in RasMol, digitare 
a "help expression"



Set
Syntax:  set <parameter> {<option>}

Il comando di RasMol 'set' consente all'utente di alterare cari parametri 
interni al programma come quelli che controllano le opzioni rendering. Ogni 
parametro possiede una serie propria di opzioni di parametro permesse. Di 
norma, l'omissione dell'opzione di parametro attribuisce al parametro stesso 
il valore per default. Nella seguente tabella sono riportati i nomi di 
parametro validi. 

Per maggiori informazioni sui tipi di parametri interni, digitare "help set 
parameter". 

    ambient         axes            background      backfade
    bondmode        bonds           boundbox        cartoon 
    cisangle        display         fontsize        fontstroke
    hbond           hetero          hourglass       hydrogen
    kinemage        menus           monitor         mouse
    picking         radius          shadepower      shadow         
    slabmode        solvent         specular        specpower
    stereo          ssbonds         strands         transparent
    unitcell        vectps          write


?show
Show
Syntax:  show information
         show centre
         show phipsi
         show phipsi
         show rotation
         show RamPrint
         show selected { group | chain |atom }
         show sequence
         show symmetry
         show translation
         show zoom
         
Il comando di RasMol 'show' visualizza i dettagli di stato della molecola 
attualmente caricata. Il comando 'show information' elenca il nome della 
molecola, la classificazione, il codice  PDB ed il numero di atomi, catene 
e gruppi contenuti. Se sono stati determinati il legame di idrogeno, i ponti 
di disulfro o la struttura secondaria, vengono anche visualizzati 
rispettivamente il numero di hbonds, ssbonds, eliche, scale e giri. Il 
comando 'show centre' mostra qualunque valore di centro diverso da zero 
selezionato dal comando 'centre [CenX, CenY, CenZ]'. Il comando 'show phipsi' 
mostra gli angoli phi e psi dei residui attualmente selezioanti e  gli angoli 
omega dei legami cis peptide. Il comando 'show RamPrint' (o 'show RPP' o 
'show RamachandranPrinterPlot') mostra un semplice plot di Ramachandran 
printer plot come da programma di Frances Bernstein. Il comando 'show 
rotation' (o 'show rot' o 'show 'rotate') mostra i valori attualmente 
selezionati di z, y, x e le eventuali rotazioni di legame. 'show selected' 
(o 'show selected group' o 'show selected chain' o 'show selected atom' ) 
mostra i gruppi (per default), catene o atomi della attuale selezione. Il 
comando 'show sequence' elenca i residui che sono compresi in ogni catena 
della molecola.  Il comando 'show translation' mostra affatto i valori non
zero dello spostamento selezionati dal comando 'translate <axis> <value>'.
Il comando 'show zoom' mostra tutto il valore non-zero dello zoom
selezionato dal comando 'zoom <value>'. 

?slab
Slab
Syntax:  slab {<boolean>}
         slab <value>
         
Il comando di RasMol 'slab' attiva, disattiva o posiziona il piano z-clipping 
della molecola. Il programma disegna solo quelle porzioni della molecola che 
sono piu' distanti per l'osservatore rispetto al piano di sezione. I valori 
vanno da zero a 100, a partire dalla parte posteriore a quella anteriore. 
I valori intermedi determinano la percentuale della molecola che si intende 
disegnare. 


?cpk
?spacefill
Spacefill
Syntax:  spacefill {<boolean>}
         spacefill temperature
         spacefill user
         spacefill <value>
         
Il comando 'spacefill'  si usa per rappresentare tutti gli atomi al momento 
selezionati come sfere solide. Il comando si usa per produrre sia unioni di 
sfere, sia modelli di una molecola in palle e stecche. Il comando, 'spacefill 
true', il default, rappresenta ogni atomo come una sfera di  van der Waals. 
Il comando 'spacefill off' annulla la rappresentazione degli atomi selezionati 
come sfere. Si puo' specificare il raggio di una sfera come un numero intero 
in unita' RasMol (1/250th Angstrom) o un valore che contenga un numero 
decimale. Un valore uguale o superiore a 500 (2.0 Angstroms) determina un 
errore "Parameter value too large" ('Valore di paraletro troppo altoo/oo). 

L'opzione 'temperature' attribuisce al raggio della sfera il valore conservato 
nel suo campo di temperatura. Lo zero o i valori negativi non hanno effetto, 
mentre quelli maggiori di 2.0 si troncano a 2.0. L'opzione 'user' consente 
di specificare il raggio di ogni sfera con linee addizionali nel file PDB 
della molecola utilizzando una estensione del registro COLOUR di Raster 3D. 

Il comando di RasMol 'cpk'  e' sinonimo del comando 'spacefill'

?spanish
Spanish
Syntax:  Spanish

Il comando di RasMol 'Spanish' riporta i menu' ed i messaggi nella versione 
in lingua spagnola.  I comandi 'English', 'French' e 'Italian' possono essere
usati per selezionare i menu ed i messaggi inglesi, francesi ed italiani. 

?ssbond
?bridges
?disulphide bridges
?ssbonds
SSBonds
Syntax:  ssbonds {<boolean>}
         ssbonds <value>
 
Il comando di RasMol 'ssbonds' si usa per rappresentare i ponti disulfuro 
della molecola di proteina the disulphide in linee punteggiate o in cilindri 
tra le cisteine connesse. La prima volta che si usa il comando 'ssbonds', 
il programma ricerca la struttura della proteina per trovare coppie di 
semicisteina (cisteina i cui solfuri sono  entro 3 Angstroms per ognuna) e 
riporta il numero di ponti all'utente. Il comando 'ssbonds on' visualizza i  
legami ("bonds") come linee puteggiate, e il comando 'ssbonds off'  disabilita 
il display di  ssbonds nell'area che e' stata selezionata. La selezione di 
ponti disulfuro su attua allo stesso modo dei  legami normali, e si puo' 
manovrare con il comando di RasMol 'set bondmode'. Il colore dei legami di 
disulfide si  puo' modificare con il comando 'colour ssbonds'. Per default, 
ogni legame disulfide assume i colori degli atomi a cui e' connesso. 

Per default i legami di disulfide sono rappresentati tra gli atomi di 
sulfuro all'interno dei gruppi di cisteina. Con il comando 'set ssbonds' si 
puo' usare la posizione dei carboni alfa.  
 
?star
Star
Syntax:  star {<boolean>}
         star temperature
         star user
         star <value>

Il comando di RasMol 'star' si usa per rappresentare come stelle (a sei 
punte, nelle direzioni x, -x, y, -y, z e ^z) , tutti gli atomi selezionati.  
I comandi 'select not bonded' seguiti da 'star 75' sono utili evidenziare 
gli atomi non uniti  in display  'wireframe' con un carico minore rispetto 
a  'spacefill 75'. Cio' si puo' fare automaticamente per tutti i successivi 
display wireframe con il comando 'set bondmode not bonded'.

Il comando 'star true', il default, rappresenta ogni atomo a forma di stella 
con le punte della lunghezza del raggio di van der Waals. Il comando 'star 
off' annulla la rappresentazione 
dell'atomo selezionato come stella. La lunghezza delle punte della stella 
puo' essere specificata in unita' RasMol (1/250th Angstrom) o in un valore che 
contiene un punto decimale. Un valore uguale o maggiore di 500 (2.0 Angstroms) 
da come risultato l'errore "Parameter value too large" ('Valore di parametro 
troppo altoo/oo). 

L'opzione 'temperature' assegna alla lunghezza del tratto di ogni stella il 
valore conservato nel suo campo di temperatura. I valori  zero o negativi 
non hanno effetto e i valori maggiori di 2.0 sono troncati a 2.0. L'opzione 
'user' consente alla lunghezza del tratto di ogni stella di essere 
specificata da linee addizionali nel file PDB della molecola  utilizzando 
una estensione di registro COLOUR Raster 3D. 

Il comando di RasMol'spacefill' puo' essere usato per una resa piu' artistica 
degli atomi come sfere. 

?stereo
Stereo
Syntax:  stereo on
         stereo [-] <number>
         stereo off
        
Il comando di RasMol  'stereo' attiva una visualizzazione di immagini stereo. 
Il comando si attiva o disattiva selezionando 'Stereo' dal menu'  'Options', 
oppure digitando i comandi 'stereo on' o 'stereo off'. L'angolo di 
separazione tra le due immagini si puo' regolare con il comando 'set stereo 
[-] <number>', dove i valori positivi producono una visione trasversale e 
quelli negativi una visione frontale. L'inserimento del numero [-] <number>' 
nel comando 'stereo' , come ad esempio 'stereo 3' o 'stereo -5', permette di 
controllare anche l'angolo e la direzione. 
 
Il comando stereo e' implementato soltanto parzialmente. Quando si attiva, 
l'immagine non e' correttamente centrata. (per centrarla si deve utilizzare 
il comando 'translate x -<number>'.) Non e' supportata nel vettore di file di 
uscita PostScript, non viene salvata dal comando 'write script', ed in 
generale non e' ancora propriamente interfacciata con moltre altre 
caratteristiche del programma.  
 

?strands
Strands
Syntax:  strands {<boolean>}
         strands <value>

Il comando di  RasMol 'strands' visualizza la proteina caricata al momento o 
l'acido nucleico sotto forma di nastro ("ribbon")   dalla superficie liscia a 
curve depth-cued che passa lungo lo scheletro della proteina. Il nastro e' 
composto da un numero di filamenti che corrono paralleli lungo il piano del 
peptide di ciacsun residuo. Il nastro si  disegna tra ogni aminoacido il cui 
carbonio alfa e' stato selezionato. Per modificare il colore del nastro si 
utilizza il comando di RasMol 'colour ribbon'. Se il colore dato e'  'none' 
(per default), il nastro assumera' il colore del carbonio alfa nelle posizioni 
che avra' sulla sua lunghezza. Si possono colorare i filamenti centrali e 
quelli piu' esterni  indipendentemente, usando rispettivamente i comandi 
'colour ribbon1' e 'colour ribbon2' . Per modificare il numero dei 
filamenti nel nastro si usa il comando 'set strands'. 

L' ampiezza del nastro in ogni posizione e' determinata dal parametro 
opzionale nelle unita' di RasMol. Per default l'ampiezza del nastro deriva 
dalla struttura secondaria della proteina o un valore costante di 720  
(2.88 Angstroms) per acidi nucleici. l'ampiezza delle eliche 
dell'alfaprroteina e dei foglietti beta  e' per  default  380 (1.52 Angstroms) 
e 100 (0.4 Angstroms) per i giri e bobina casuale. l'assegnazione della 
struttura secondaria deriva o dal file PDB o viene calcolata utilizzando 
l'algoritmo DSSP come per il comando 'structure'. Questo comando e' simile 
al comando di the RasMol 'ribbons' che assegna al nastro biomolecolare una 
superficie liscia e ombrata.  
 

?structure
Structure
Syntax:  structure

Il comando di  RasMol 'structure' calcola l'assegnazione della struttura 
secondaria per la proteina caricata. Se il file PDB file originale contiene 
gia'  assegnazioni di strutture (HELIX, SHEET and TURN) il programma le 
scarica. Inizialmente cerca i legami di idrogeno, se non e' gia' stato fatto 
prima. Poi determina la struttura secondaria utilizzando l'algoritmo DSSP di 
Kabsch e Sander. Terminato il calcolo il programma riporta il numero delle 
eliche, filamenti e giri. 
 

?trace
Trace
Syntax:  trace {<boolean>}
         trace <value>
         trace temperature

Il comando di RasMol 'trace' visualizza una linea liscia tra due carboni alfa 
consecutivi. Questa linea non  passa esattamente attraverso la posizione del 
carbonio alfa di ogni residuo, ma segue lo stesso percorso di  'ribbons', 
'strands' e 'cartoons'. Da notare che ogni residuo puo' essere visulaizzato 
come  'ribbons', 'strands', 'cartoons' o 'trace', ma attivando una di queste 
rappresentazioni automaticamente si annullano le altre. Comunque un residuo 
si puo' rappresentare simultaneamente come  scheletro o come una delle suddette 
rappresentazioni. Nelle future versioni di RasMol questo potrebbe cambiare 
Fino alla versione 2.6, 'trace' era sinonimo di 'backbone'. 

'Trace temperature' visualizzano lo scheletro come un cilindro piu' ampio con 
fattori di temperatura alti e piu' stretto se bassi. Questa rappresentazione 
e' utile per i cristallografisti e spectroscopisti NMR.


?translate
Translate
Syntax:  translate <axis> {-} <value>

Il comando di RasMol 'translate' muove la posizione del centro della molecola 
sullo schermo. Il parametro delle assi specifica lungo quale asse la molecola 
si deve muovere ed il parametro intero (integer) specifica la posizione 
assoluta del centro della molecola dal rispetto allo schermo. I valori di 
parametro consentiti per le assi  sono "x", "y" e "z". Valori  di  spostamento 
devono essere compresi tra -100 e 100 e corrispondono allo spostamento della 
molecola suori dello schermo. Il valore  "x" positivo sposta la molecola a 
destra, e"y" positivo verso il basso. La coppia di comandi  'translate x 0' 
e 'translate y 0' centra la molecola nello schermo. 

?wireframe
Wireframe
Syntax:  wireframe {<boolean>}
         wireframe <value>

Il comando di RasMol 'wireframe' rappresenta ciascun legame all'interno di
una regione selezionata della molecola come un cilindro, una linea o un ******** 
vettore depth-cued. La rappresentazione dei legami come vettori depth-cued 
(Disegnati piu' scuri all'aumentare della distanza dall'osservatore) e' attivato 
dal comando 'wireframe' o 'wireframe on'. I legami selezionati sono mostrati 
come cilindri specificando un raggio o come intero in unita' di RasMol o contenente 
un punto decimale come valore in Angstroms. Un valore del parametro di 500 
(2.0 Angstroms) o superiore risulta in un errore "Parameter value too large".
I legami possono essere colorati usando mil comando 'colour bonds'.

Gli atomi senza legami, che potrebbero non essere visualizzati in un comune 
display 'wireframe' possono apparire comunque se e' stato digitato prima il 
comando  'set bondmode not bonded' . Se i legami co-lineari  sono difficili 
da visualizzare in un display wireframe, si puo' utilizzare il comando  'set 
bondmode all' che aggiungera' marcatori per  'all' (tutti) gli atomi delle 
varie esecuzioni del comando  'wireframe'.
 

?write
Write
Syntax:  write {<format>} <filename>

Copia l'immagine corrente in un file in un formato standard . I formati di 
immagine attualmente supportati includono 'bmp' (Microsoft bitmap) e 'gif' 
(Compuserve GIF), 'iris' (IRIS RGB), 'ppm' (Portable Pixmap), 'ras' (Sun 
rasterfile), 'ps' e 'epsf' (Encapsulated PostScript), 'monops' (Monochrome 
Encapsulated PostScript), 'pict' (Apple PICT), 'vectps' (Vector Postscript). 
Il comando 'write' puo' anche essere usato per generare scripts per altri 
programmi di grafica. Il  formato 'script' produce un  file che contiene i 
comandi di RasMol 'script' per la completa riproduzione dell'immagine. Il 
formato 'molscript' fa lo stesso per produrre la molecola attuale sotto 
forma di nastri nel programma Per Kraulis Molscript  ed il formato 'kinemage' 
attiva i comandi di Mage, di David Richardson. I seguenti formati possono 
essere usati con altri programmi: 'povray' (POVRay 2), 'povray3' (POVRay 3 -- 
in fase di sviluppo), 'vrml' (VRML file). Infine, sono stati previsti altri 
formati per generare dati phi-psi da elencareo per  'phipsi' (dati phi-psi 
come lista annotata, che contengono anche gli angoli cis omega), 'ramachan'
 e 'RDF' e 'RamachandranDataFile' (dati phi-psi rappresentati come colonne 
di numeri per  gnuplot), 'RPP' e 'RamachandranPrinterPlot' 
(dati phi-psi rappresentati come un printer plot). 

Non c'e' piu'  differenza tra questo comando e il comando di RasMol 'save'. 
l'unica differenza ancora esistente e' che senza uno specificatore di formato 
il comando 'save' genera un file in  'PDB' e il comando  'write' una immagine 
'GIF'. 
 

?zap
Zap
Syntax:  zap

Cancella i contenuti del database corrente e ripristina le variabili di 
parametro al loro valore iniziale per default. 
 
?zoom
Zoom
Syntax:  zoom {<boolean>}
         zoom <value>
Questo comando controlla l'ingrandimento della immagine visualizzata. I 
parametri boleani possono si ingrandire o ripristinare la scala della molecola 
in uso. Un parametro intero (integer) specifica l'ingrandimento desiderato 
come da percentuale definita per default . Il valore di parametro minimo e' 
10; il valore di parametro massimo dipende dalle dimensioni della molecola 
visualizzata. Per le proteine di media grandezza e' circa 500.


?parameters
?set parameters
?internal parameters
Internal Parameters

RasMol ha un numero di parametri interni che possono essere modificati usando 
il comando 'set'.Questi parametri controllano un numero di opzioni al 
programma  come le opzioni di presentazione e la mappa dei bottoni del mouse. 

La tabella seguente riporta la lista completa dei nomi dei parametri interni. 
Per maggiori informazioni su ciascuna opzione, digitare "help set 
<parametername>". 

    ambient         axes            background      backfade
    bondmode        bonds           boundbox        cartoon
    cisangle        display         fontsize        fontstroke
    hbond           hetero          hourglass       hydrogen
    kinemage        menus           monitor         mouse
    picking         radius          shadow          slabmode
    solvent         specular        specpower       stereo
    ssbonds         strands         transparent     unitcell
    vectps          write


?ambient
?set ambient
Set Ambient
Syntax:  set ambient {<value>}

Il parametro di RasMol 'ambient' controlla l'intensita' della luce che illumina 
la rappresentazione. Il valore 'ambient' e' compreso fra 0 e 100. Controlla la  
percentuale di intensita' dell'ombra piu' scura di un oggetto. Nel caso di  un 
oggetto opaco, questo valore  e' l'intensita' delle superfici che si trovano 
lontane dalla fonte di luce o sono nell'ombra. Per oggetti con ( depth-cued) 
profondita' e' l'intensita' di oggetti piu' lontani  dall'osservatore.

Questo parametro si usa comunemente per correggere monitor con diversi valori 
di contrasto, per modificare la luminosita' della immagine in stampa o per 
alterare l'effetto di profondita' nelle rappresentazioni in wireframe o nastro. 
 
?axis
?axes
?set axis
?set axes
Set Axes
Syntax:  set axes <boolean>

Il parametro di RasMol 'axes' controlla la visualizzazione delle assi di 
coordinate ortogonali nella rappresentazione in uso. Le assi coordinate sono 
quelle utilizzate nel file di dati della molecola e l'orifine e' il centro 
del punto di unione della molecola. Il comando 'set axes' e' simile ai comandi 
'set boundbox' e 'set unitcell' che visulizzano rispettivamente il punto di 
unione e  la cellula di unita' cristallografica.


?set backfade
Set Backfade
Syntax:  set backfade <boolean>

Il parametro di RasMol 'backfade' controlla l'ombra di fondo del colore dello 
sfondo specificato assegnando un colore diverso dal nero. Si controlla con i 
comandi 'set backfade on' e 'set backfade off'. Per esempio, si puo' usare per 
generare immagini con effetto di profondita' (depth-cued) che sfuma nerso il 
bianco e non verso il nero. 
 

?set background
Set Background
Syntax:  set background <colour>

Il parametro di  RasMol 'background' assegna il colore allo sfondo della 
rappresentazione. Si puo' indicare sia il nome di un colore sia la componente 
tripla di tre colori Rosso Verde e Azzurro (RVA) separati da una virgola in 
parentesi quadra. Con il comando  'help colours' si ottiene una lista di nomi 
di colori predefinita che e' riconosciuta da  RasMol. Se si usa X Windows, 
RasMol riconosce anche i nomi dei colori presenti nel database del server di X. 

Il comando 'background' e' sinonimo del comando di RasMol 'set background' 
command. 


?bondmode
?set bondmode
Set BondMode
Syntax:  set bondmode and
         set bondmode or
         set bondmode all
         set bondmode none
         set bondmode not bonded
Il comando di RasMol 'set bondmode' controlla il meccanismo usato per 
selezionare legami individuali e per modifiare la visualizzazione di atomi 
legati e non con i successivi comandi 'wireframe'. 

Quando si usano i comandi 'select' e 'restrict', viene selezionato un dato 
legame se i) il bondmode e' 'or' se sono selezionati entrambi gli atomi 
connessi, o ii) il bondmode e' 'and' ed se sono selezionati entrambi gli atomi 
connessi dal legame. Percio' un legame individuale si puo' identificare soltanto 
usando 'set bondmode and' e poi selezionando unicamente gli atomi alle due 
estremita'. 

I comandi  'bondmode [all | none | not bonded]' aggiungono i marcatori 'star 
75' o 'spacefill 75' per gli atomi designati per una visualizzazione  
'wireframe'. La rappresentazione a stelle si usa quando il raggio wireframe 
specificato e'  zero. 
 

?setbond
?set bonds
Set Bonds
Syntax:  set bond <boolean>

Il parametro di RasMol 'bonds' controlla la visualizzazione di legami doppi 
e tripli nella forma di linee multiple o di cilindri. Ad oggi questi comandi 
leggono solo file di formato  MDL Mol, Sybyl Mol2 , Tripos Alchemy , CIF e 
mmCIF, e file PDB idonei. I legami doppi e tripli sono specificati in alcuni 
file PDB specificando un dato legame due o tre volte in registri CONECT 
records. Con i comandi 'set bonds on' e 'set bonds off'si attivano o 
disattivano queste funzioni.  

?boundbox
?boundingbox
?bounding box
?set boundbox
Set BoundBox
Syntax:  set boundbox <boolean>

Il parametro di RasMol 'boundbox' controlla la visualizzazione del punto di 
unione della molecola. Il punto di unione e' ortogonale alle assi di coordinate 
del file di dati originale. Il comando  'set boundbox'  e' simile ai comandi 
'set axes' e 'set unitcell' che visualizzano rispettivamente le assi di 
coordinate ortogonali e il punto di unione.
 

?set cartoon
Set Cartoon
Syntax:  set cartoon {<boolean>}
         set cartoon {<number>}

Il parametro di  RasMol 'cartoon' controlla la versione del disegno 
visualizzato in 'ribbons' .Per  default, il terminale C di foglietti beta e' 
rappresentato come teste di frecce.  Con il comando   'set cartoons <boolean>' 
questa funzione viene attivata o disattivata. La profondita' del disegno si 
puo' regolare 'cartoons <number. Il comando 'set cartoons' senza alcun parametro 
ripristina queste funzioni ai loro valori per default. 
  

?cisangle
?cis
?cis angle
?set cisangle
Set CisAngle
Syntax:  set cisangle {<value>}

Il parametro di  RasMol 'cisangle' controlla l'angolo per identificare i legami 
peptide cis.Se non viene dato alcun valore, l'angolo e' per  default di 90 gradi. 
 

The RasMol 'cisangle' parameter controls the cutoff angle for identifying 
cis peptide  bonds. If no value is given, the cutoff is set to 90 degrees. 

?display
?set display
Set Display
Syntax:  set display selected
         set display normal

Questo comando controlla il modo di visualizzazione in command controls RasMol. 
Per default, 'set display normal', RasMol  visualizza la molecola nella 
rappresentazione specificata dall'utente. Il comando 'set display selected' 
modifica il modo di visualizzazione rendendo la molecola temporaneamente 
visibile per poter indicare l'area della molecola da selezionare. Lo schema 
di colore specificato dall'utente resta lo stesso. In questa rappresentazione 
tutti gli atomi selezionati sono di colore giallo e tutti gli atomi non 
selezionati son di colore blu. Il colore dello sfondo cambia in grigio scuro 
per indicare la modifica del modo di  visualizzazione.  Questo comando si usa 
tipicamente da Graphical User Interfaces (GUIs). 


?fontsize
?set fontsize
Set FontSize
Syntax:  set fontsize {<value>} { FS | PS }

Il comando di RasMol 'set fontsize' controlla la forma dei caratteri delle 
etichette degli atomi. Questo valore corrisponde all'altezza del carattere 
visualizzato in pixels. Il massimo valore di 'fontsize' e' 48 pixels, e il 
valore per default e' 8 pixels. La spaziatura  fissa o proporzionata puo' essere 
regolata aggiungendo rispettivamente i modificatori "FS" or "PS". Per  default 
e' "FS". Per visualizzare le etichette di un atomo sullo schermo si usa il 
comando di RasMol 'label' e per modificare il colore dell'etichetta si usa 
invece il comando 'colour labels' . 


?fontstroke
?set fontstroke
Set FontStroke
Syntax:  set fontstroke {<value>}


Il comando di Rasmol 'set fontstroke' controlla la dimensione dello spessore 
del tratto del carattere che forma l'eticheta dell'atomo. Questo valore e' il 
raggio in pixels di cilindri usati per formare il tratto. Il valore speciale 
di "0" e' il  default usato per lo spessore del tratto ogni  singlo pixel, che 
consente la rapida rappresentazione e rotazione della immagine. Valori diversi 
da zeo sono forniti per consentire una resa piu' artistica a costo di un maggiore 
impiego di tempo. 

Quando si usano tratti piu' spessi e' consigliabile usare una misura di font piu' 
grande; ad esempio usando il comando di RasMol 'set fontsize 24 PS', seguito 
da 'set fontstroke 2'.
 
Per visualizzare le etichette dell' atomo sullo schermo si utilizza il comando 
di  RasMol 'label', e per modificare il colore il comando  'colour labels'. 
 

?set hbonds
Set HBonds
Syntax:  set hbonds backbone
         set hbonds sidechain
         
Il parametro di RasMol 'hbonds' determina se i legami di idrogeno sono 
tracciati tra gli atomi (donatore e ricevente) del legame di idrogeno, 'set 
hbonds sidechain' o tra gli atomi di carbonio alfa dello scheletro della 
proteina o tra gli atomi di fosforo dello scheletro dell'acido nucleico, 
'set hbonds backbone'. Il comando 'hbonds' controlla  la visualizzazione reale 
dei legami di idrogeno. Il tracciato dei legami di idrogeno tra i carboni alfa 
della proteina  o tra  gli atomi di fosforo degli acidi nucleici e' 
particolarmente utile quando il resto della molecola e' rappresentato 
schematicamente nei modi  'backbone', 'ribbons' o 'strands'.  Questo parametro 
e' simile al parametro di RasMol 'ssbonds'. 
  

?hetero
?set hetero
Set Hetero
Syntax:  set hetero <boolean>

Il parametro di RasMol 'hetero' modifica il funzionamento prestabilito 
'default' del comando di RasMol 'select', cioe'    di 'select' senza nessun 
parametro. Quando questo valore e'  'false',  per default l'area interessata 
dal comando  'select' non include atomi eterogenei (vedi: 'hetero' ). Quando 
questo valore e' 'true', per default l'area interessata dal comando 'select' 
puo' contenere atomi eterogenei. Questo parametro e' simile al parametro di 
RasMol 'hydrogen' che determina se gli atomi di idrogeno devono essere inclusi 
nel gruppo per default. Se entrambi  'hetero' e 'hydrogen' sono 'true', 
'select' senza nessun parametro equivale a  'select all'. 
 

?hourglass
?set hourglass
Set HourGlass
Syntax:  set hourglass <boolean>

Il parametro di RasMol 'hourglass' permette all'utente di attivare o 
disattivare l'uso del cursore 'hour glass' di RasMol che indica quando il 
programma sta sviluppando il frame seguente. Il comando  'set hourglass on' 
attiva l'indicatore, mentre  'set hourglass off' impedisce a RasMol di 
cambiare il cursore. Questo risulta particolarmente utile quando la molecola 
sta girando, e si da una sequenza di ordini da un file di script o si usa la 
comunicazione interprocess per eseguire complesse sequenze di comandi: in 
queste situazioni un cursore che lampeggia potrebbe risultare fastidioso. 
 
?hydrogen
?set hydrogen
Set Hydrogen
Syntax:  set hydrogen <boolean>

Il parametro di  RasMol 'hydrogen' modifica il funzionamento del comando di 
RasMol 'select' , cioe' 'select' senza parametri. Quando questo valore e' 
'false', per default l'area interessata dal comando 'select' non include 
alcun atomo di idrogeno, deuterio o tritio (vedi: 'hydrogen' ). Quando e' 
'true', per default l'area interessata dal comando 'select' puo' contenere 
atomi di idrogeno.Questo parametro e' simile al parametro di  RasMol 'hetero' 
che determina se gli atomi di idrogeno devono devono essere inclusi nel 
gruppo per default. Se 'hydrogen' e 'hetero' sono 'true', 'select' senza 
parametri e' equivalente a  'select all'. 
 
?mage
?kinemage
?set kinemage
Set Kinemage
Syntax:  set kinemage <boolean>
Il comando di RasMol 'set kinemage' controlla la quantita' di dettagli 
conservati in un file di uscita Kinemage generato dal comando di RasMol 
'write kinemage'. I file di uscita kinemage si visualizzano dal programma 
Mage di  David Richardson. 'set kinemage false', per default, archivia la 
rappresentazione attualmente visualizzata nel file di uscita generato. Il 
comando 'set kinemage true', genera una immagine  Kinemage piu' complessa che 
contiene sia le rappresentazioni wireframe sia backbone, e contiene anche 
le assi di coordinate, il punto di unione e la cellula unita' del cristallo. 
 

?set menus
Set Menus
Syntax:  set menus <boolean>

Il  comando di RasMol 'set menus' attiva la barra o i bottoni del menu' della 
finestra Generalmente fanno uso di questo questo comando le interfacce 
grafiche dell'utente. In Microsofe Windows si usa questo comando per creare 
immagini che siano il piu' grande possibile. 
 
?set monitor
Set Monitor
Syntax:  set monitor <boolean>

Il comando di  RasMol 'set monitor' attiva i 'monitors'. L'etichetta 
dell'indicatore di distanza si puo' disattivare con il comando 'set monitor 
off', e riattivare con il comando  'set monitor on'. 
 
?setmonitors

Il comando di  RasMol 'set monitor' attiva i 'monitors'. L'etichetta 
dell'indicatore di distanza si puo' disattivare con il comando 'set monitor 
off', e riattivare con il comando  'set monitor on'. 
 
?mouse
?set mouse
Set Mouse
Syntax:  set mouse rasmol
         set mouse insight
         set mouse quanta
        
Il comando di  RasMol 'set mouse' regola i legami di rotazione, traslazione, 
scala e zoom del mouse. Il vamore iniziale per default e' 'rasmol' che e' adatto 
ai mouse a due tasti  (per quelli a tre tasti il secondo ed il terzo sono 
sinonimi);  la rotazione X-Y  viene controllata dal primo tasto, e la 
traslazione  X-Y  dal secondo. Altre funzioni aggiunte si ottengono premendo 
il tasto modificatore della tastiera: [Shift] ed il primo tasto del mouse 
controllano la scala; [shift] ed il secondo tasto del mouse controllano la 
rotazione Z;  [control] ed il primo tasto del mouse controllano il piano di 
taglio. Le opzioni 'insight' e 'quanta'  producono gli stessi effetti di 
questo pacchetto, ma sono consigliati per utenti piu' esperti. 
 

?pick
?picking
?setpick
?set picking
Set Picking
Syntax:  set picking <boolean>
         set picking off
         set picking none
         set picking ident
         set picking distance
         set picking monitor
         set picking angle
         set picking torsion
         set picking label
         set picking centre
         set picking center
         set picking coord
         set picking bond
         set picking atom
         set picking group
         set picking chain

La serie di comandi di RasMol 'set picking' regola il modo in cui l'utente 
puo' interagire con una molecola visualizzata sullo schermo.

Enabling/Disabling Atom Picking: Quando si fa un click di mouse su un atomo 
il programma identifica l'atomo e visualizza il suo nome, il suo nome di 
residuo, numero di residuo, numero di e la catena nella finestra dei comandi. 
Questa funzione si puo' disabilitare con il comando 'set picking none' e 
abilitare con il comando 'set picking ident'. Il comando 'set picking coord' 
 agginge le coordinate dell'atomo che e' visualizzato. 
 
Measuring Distances, Angles and Torsions: Le misure di distanza interattive, 
gli angoli e le torsioni si ottengono usando i rispettivamente comandi: 'set 
picking distance', 'set picking monitor', 'set picking angle' e 'set picking 
torsion'. In questo modo, un click del mouse sull'atomo permette la sua 
identificazione . Inoltre, ogni atomo selezionato con un click  incrementa 
un modulo contatore in modo che, ogni secondo atomo visualizza la distanza 
tra questo ed il precedente. In modo angolare, ogni terzo angolo selezionato 
visualizza l'angolo tra i tre atomi precedentemente selezionati e in  torsione 
ogni quarto angolo selezionato 
visualizza la torsione tra gli ultimi quattro atomi. Se si tiene premuto il 
tasto shift mentre si seleziona un atomo, il modulo contatore non lo calcola 
e permette di visualizzare, per esempio, le  distanze di atomi consecutivi 
da un atomo fisso. Per maggiori dettagli su come controllare la 
visualizzazione di indicatori di distanza e le etichette, vedi:'monitor'.  

Labelling Atoms with the Mouse: Il mouse si puo' usare ottenere informazioni 
su un dato atomo sotto forma di etichetta. Il comando di  RasMol 'set picking 
label' rimuove l'etichetta dall'atomo selezionato se gia' ne aveva una o la 
assegna. 
 
Centring Rotation with the Mouse: Si puo' centrare una molecola su un atomo 
specificato usando i comandi di RasMol  'set picking centre' or 'set picking 
center'. In questo modo, quando si seleziona un atomo tutte le ulteriori 
rotazioni partiranno da quel punto. 

Picking a Bond as a Rotation Axis: Qualsiasi legame puo' essere selezionato
come asse di rotazione per la parte della molecola oltre il secondo atomo
selezionato. Questa caratteristica dovrebbe essere usata con l' attenzione,
poiche', naturalmente, cambia la conformazione della molecola.  Dopo l'
esecuzione 'set picking bond' o usando l' equivalente "Seleziona legame"
in del menu "Configurazione", un legame da ruotare e' selezionato con lo
stesso ordinamento degli scatti del mouse di sono usati per gli atomi di
raccolto per una misura di distanza.   Questo dovrebbe essere fatto
normalmente dove un legame esiste, ma se nessun legame esiste, sara'
aggiunto. Il legame non puo' essere usato per rotazione se fa parte d'un
anello di qualunque formato. Tutti i legami selezionati per rotazione sono
si ricordano di in moda da poterli segnalare correttamente quando scrivere
uno scritto, ma soltanto il legame il piu' recentemente selezionato puo'
attivamente essere ruotata.

Enabling Atom/Group/Chain Selection Picking: Gli atomi, i gruppi e le catene
possono essere selezionati (come se con comando 'select'), con i comandi
'set picking atom', 'set picking group' e 'set picking chain'.  Per ciascuno
di questi comandi, il tasto di spostamento puo' essere usato per avere
una nuova selezione aggiunta al vecchio ed il tasto di controllo pu[Sqrt]<= essere
usato per avere una nuova selezione cancellata dal vecchio. Quando il comando
il comando 'set picking atom' e' dato, il mouse puo' essere usato per
selezionare o trascinare una casella intorno agli atomi per cui la selezione
e' voluta. Quando il comando 'set picking group' e' dato, raccolto qualsiasi
un atomo causera' la selezione di tutti gli atomi che sono conforme nel
numero residuo con l' atomo selezionato, anche se in catene differenti.
Quando il comando 'set picking chain' e' dato, raccolto che tutto l' atomo
causera' la selezione di tutti gli atomi che sono conforme in contrassegno
chain con l' atomo selezionato. 

?radius
?set radius
Set Radius
Syntax:  set radius {<value>}

Il comando di  RasMol 'set radius' altera il funzionamento del comando di 
RasMol 'dots' a seconda del valore del parametro  'solvent'. Quando  
'solvent' e' 'true', il parametro 'radius' controlla se una vera superficie 
van der Waals viene generata dal comando  'dots'. Se il valore di  'radius' 
e' diverso da zero, quel valore viene dato come raggio di ogni atomo al posto 
del suo valore vdW vero. Quando il valore di  'solvent' e' 'true', questo 
parametro determina il raggio 'probe sphere' (solvent). Il parametro puo' essere 
dato come un intero in unita' rasmol o che contiene un punto decimale in 
Angstroms. Il valore per default di questo parametro viene determinato dal 
valore di  'solvent' e modificando 'solvent' si riporta  'radius' al suo nuovo 
valore per default. 


?shadepower
?set shadepower
Set ShadePower
Syntax:  set shadepower {<value>}

Il parametro 'shadepower' (adottato da RasTop) determina il repartition
dello schermo (il contrasto) usato nella rappresentazione degli oggetti
solidi.  Questo valore fra 0 e 100 registra proteggere su una superficie
dell' oggetto orientata lungo il senso alla fonte di luce.  Cambiare il
parametro dello shadepower non cambia il massimo o i valori minimi di
questa tonalita', come cambiando il parametro 'ambient'.  Un valore di
100 concentrati la luce sulla parte superiore delle sfere, dante una
rappresentazione altamente speculare e vetrosa (vedere il parametro 
'specpower').   Un valore di 0 distribuisce la luce sull' intero oggetto.

Questa implementazione di shadepower differisce da da quello in RasTop
soltanto nella scelta di gamma (0 - 100 contro -20 - 20 in RasTop). 

?shadow
?shadows
?set shadow
Set Shadow
Syntax:  set shadow <boolean>

Il comando di  RasMol 'set shadow' attiva e disattiva il tracciato del raggio 
dell'immagine rappresentata. Fino ad oggi solo la rappresentazione spacpuo' 
essere ombrata o puo'produrre ombra. l'attivazione di ombra disabilitera' 
automaticamente il piano che taglia Z con il comando 'slab off'. Il tracciato 
del raggio dura approssimativamente 10 secondi in una proteina di media 
grandezza. E' preferibile disattivare l'ombra mentre la molecola viene 
trasformata o manipolata, e riattivarla solo quando si e' selezionato il punto 
di osservazione, per dare maggiore effetto alla profondita'. 


?slabmode
?set slab
?set slabmode
Set SlabMode
Syntax:  set slabmode <slabmode>

Il parametro di  RasMol 'slabmode' controlla il metodo di rappresentazione 
degli oggetti tagliati dal piano che taglia l'asse z. Parametri validi di 
slabmode sono "reject", "half", "hollow", "solid" e "section". 
 
?solvent
?set solvent
Set Solvent
Syntax:  set solvent <boolean>

Il comando di  RasMol 'set solvent' controlla il funzionamento del comando di 
RasMol 'dots'. A seconda del valore di parametro 'solvent' , il  comando  
'dots' genera una superficie van der Waals oppure una superficie accessibile 
solvent accessible al gruppo di atomi selezionato. La modifica di questo 
parametro ripristina automaticamente il valore del parametro di RasMol 'radius'. 
Il comando 'set solvent false', il valore per  default, indica che si deve 
generare una superficie van der Waals e ripristinaa zero  il valore del 
'radius'. Il comando 'set solvent true' indica che si deve dare un solvente 
accessibile alla superficie  'Connolly' o 'Richards' e ripristina il parametro 
'radius', il raggio solvente, a 1.2 Angstroms (o 300 unita' RasMol).
 
?specular
?set specular
Set Specular
Syntax:  set specular <boolean>

Il comando di  RasMol 'set specular' attiva e disattiva la visualizzazione 
dei riflessi luminosi sugli oggetti opachi tratti da RasMol. I riflessi 
speculari appaiono come riflessi di luce bianca sulla superficie dell'oggetto. 
l'attuale applicazione di RasMol utilizza una funzione di approssimazione per 
generare questi riflessi. 

Il riflesso speculare sulla superficie di oggetti opachi si puo' alterare 
utilizzando il coefficiente di riflesso speculare, controllato dal comando 
di RasMol 'set specpower'. 

?specpower
?set specpower
Set SpecPower
Syntax:  set specpower {<value>}

Il parametro 'specpower' determina il contrasto degli oggetti opachi 
rappresentati  da RasMol. Questo valore tra  0 e 100  regola il coefficiente 
del riflesso usato nei calcoli dei fasci di luce speculare. I riflessi di 
luce speculare si attivano con il comandi di  RasMol 'set specular'.  Valori 
di circa 20 o 30 rendono di plastica l'aspetto delle superfici. Valori piu' 
alti  generano superfici piu' brillanti come se di metallo, mentre valori piu' 
bassi danno un aspetto piu' cupo. 
 

?set ssbonds
Set SSBonds
Syntax:  set ssbonds backbone
         set ssbonds sidechain

Il parametro di  RasMol 'ssbonds' determina se i ponti di disulfuro sono 
rappresentati tra gli atomi di sulfuro nella catena laterale (per default) o 
tra gli atomi di carboio alfa nello scheletro dei residui di cisteina. La 
visualizzazione attuale dei ponti di disulfide viene controllata dal comando 
'ssbonds'. Rappresentare i ponti di disulfide tra i carboni alfa e' utile 
quando il resto della proteina viene visualizzato in rappresentazioni 
schematiche come 'backbone', 'ribbons' o 'strands'. Questo parametro e' simile 
al parametro di RasMol 'hbonds'. 
 

?set stereo
Set Stereo
Syntax:  set stereo <boolean>
         set stereo [-] <number>

Il parametro di RasMol 'set stereo' controlla la separazione tra le immagini 
di destra e di sinistra. Attivare o disattivare lo stereo non riposiziona 
il centro della molecola. 

La visualizzazione stereo si attiva o disattiva sia selezionando 'Stereo' 
dal menu'  'Options' , sia digitando i comandi  'stereo on' e 'stereo off'. 

l'angolo di separazione tra le due rappresentazioni si puo' regolare con il 
comando  'set stereo [-] <number>', dove i valori positivi danno una 
rappresentazione trasversale e quelli negativi frontale. Attualmente, la 
rappresentazione stereo non e' supportata in file di uscita  'vector 
PostScript'. 
 

?set strands
Set Strands
Syntax:  set strands {<value>}

Il parametro di  RasMol 'strands' controlla il numero di filamenti paralleli 
che sono rappresentati nel nastro della rappresentazione delle proteine. I 
valori consentiti per questo parametro sono  1, 2, 3, 4, 5 e 9. Il  valore di 
default e' 5. Il numero di filamenti e' costante per tutti i nastri che sono 
rappresentati. Comunque, lo spessore del nastro  (la separazione tra 
filamenti) su un residuo puo'  essere controllato attraverso una base di 
residuo con il comando di RasMol 'ribbons'.


?set transparent
Set Transparent
Syntax:  set transparent <boolean>

Il parametro di RasMol 'transparent' controlla la scrittura di immagini GIF 
trasparenti con il comando  'write gif <filename>' . Viene attivato o 
disattivato con i comandi 'set transparent on' and 'set transparent off'. 


?unitcell
?unit cell
?set unitcell
Set UnitCell
Syntax:  set unitcell <boolean>

Il parametro  di RasMol 'unitcell' controlla la visualizzazione della cellula 
di unita' cristallografica. La cellula del cristallo si attiva solo se e' 
presente l'informazione sulla simmetria del cristallo nel file di dati PDB, 
CIF o mmCIF. Il comando di RasMol  'show symmetry' visualizza dettagli dei 
gruppi di spazio e le assi delle cellule di unita' cristallografica. Il comando 
'set unitcell' e' simile ai comandi  'set axes' e 'set boundbox' che 
visualizzano rispettivamente le  assi coordinate ortogonali e il punto di 
unione. 


?vectps
?set vectps
Set VectPS
Syntax:  set vectps <boolean>

Il parametro di  RasMol 'vectps' controlla il modo in cui il comando di 
RasMol 'write' genera i vettori dei file di uscita PostScript. Il comando 
'set vectps on' abilita l'uso di  contorni neri attorno alle sfere ed ai 
legami a cilindro producendo una risoluzione ad effetto cartone animato. 
Comunque, l'attuale applicazione di RasMol illustra sfere incorrette, 
intersecate da piu' di un'altra sfera. Quindi, i modelli 'palle e stecche' 
("ball and stick") sono resi correttamente, cosa che non avviene per i 
modelli grandi di sfera spacefilling . Per attivare o disattivare questa 
funzione si  usa il comando 'set vectps off'. 


?set write
Set Write
Syntax:  set write <boolean>

Il parametro di Rasmol  'write' controlla l'uso dei comandi 'save' e 'write' 
all'interno di  script, ma si possono eseguire solo dalla command line. Per 
default, questo valore e' 'false', e impedisce la creazione di file in 
qualsiasi script prohibiting the generation of allo start-up (come quelli 
lanciati da browser  WWW ). Comunque si puo' avviare RasMol in modo 
interattivo: digitare 'set write on' e poi eseguire uno script per generare 
ogni frame utilizzando il  comando source.


?expression
?expressions
?atom expressions
Atom Expressions

Le espressioni di atomo in RasMol identificano solo, arbitrariamente, un 
gruppo di atomi all'interno di una molecola. Sono composte da espressioni 
primitive, parametri predefiniti, operatori di comparazione, espressioni 
interne ( 'within'), o logiche (booleani) combinationi dei suddetti tipi 
di espressione. 


Gli operatori logici consentono richieste complesse che partono da richieste 
piu' semplici utilizzando i connettivi boleani standard  'and', 'or' e 'not'. 
Questi possono essere abbreviati rispettivamente  con  i simboli "&", "|" e 
"!". Per modificare la precedenza degli operatori si possono anche usare le 
parentesi. E' conveniente anche usare una virgola per la separazione dei 
boleani. L'espressione dell'atomo viene valutata per ogni atomo, per cui 
'protein and backbone' seleziona atomi dello scheletro della proteina, e 
non gli atomi dello scheletro della proteina e dell'acido nucleico! 

Examples:    backbone and not helix
             within( 8.0, ser70 )
             not (hydrogen or hetero)
             not *.FE and hetero
             8, 12, 16, 20-28
             arg, his, lys


?examples
?example expressions
Example Expressions

La seguente tabella fornisce alcuni utili esempi di espressioni per gli atomi 
di RasMol. Per consultare esempi di sintassi corretta, digitare "help 
expressions". 

    Espressioni      Interpretazioni

    *               All atoms
    cys             Atoms in cysteines
    hoh             Atoms in heterogeneous water molecules
    as?             Atoms in either asparagine or aspartic acid
    *120            Atoms at residue 120 of all chains
    *p              Atoms in chain P
    *.n?            Nitrogen atoms
    cys.sg          Sulphur atoms in cysteine residues
    ser70.c?        Carbon atoms in serine-70
    hem*p.fe        Iron atoms in the Heme groups of chain P
    *.*;A           All atoms in alternate conformation A
    */4             All atoms in model 4


?primitive
?primitives
?primitive expression
?primitive expressions
Primitive Expressions

Le espressioni primitive di RasMol sono i blocchi di costruzione fondamentali 
delle espressioni per gli atomi. Ci sono due tipi di espressioni primitive. 
Il primo tipo si usa per identificare un dato numero di residuo o un 
intervallo di numeri di residuo.  Un  singolo residuo viene identificato dal 
suo numero  (posizione nella sequenza), ed un intervallo e' specificato dai 
residui iniziali e finali, separati da un trattino. Per esempio 
'select 5,6,7,8' corrisponde a  'select 5-8'. Questa espressione seleziona 
pero' i residui in tutte le catene di macromolecole eventualmente presenti. 

Il secondo tipo di espressione primitiva specifica una sequenza di campi 
che devono associarsi a un dato atomo. La prima parte specifica un residuo 
(o gruppo di residui) e una seconda parte opzionale specifica gli atomi 
all'interno di questi residui. La prima parte  consiste in un nome di 
residuo, opzionalmente seguita da un numero di residuo e/o identificatore 
di catena. 

La seconda parte consiste in una serie di caratteri seguiti dal nome di un 
atomo. Il nome di un atomo puo' avere al massimo 4 caratteri alfabetici o 
numerici. Si possono aggiungere un punto e virgola opzionale seguito da un 
identificatore di conformazione alternativo, oppure un trattino opzionale 
seguito da un numero di modello. 

Si puo' usare un asterisco per indicare un campo intero e un punto 
interrogativo come singolo carattere.

Per consultare gli esempi di RasMol sulle espressioni, digitare "help examples". 

?comparison
?comparisons
?comparison expressions
?comparison operators
Comparison Operators

Per distinguere parti di una molecola si possono usare anche operatori di 
uguaglianza, diseguaglianza ed ordinando gli operatori in base alle loro 
proprieta'. Il formato di tali espressioni di comparazione e' un nome adeguato, 
seguito da un operatore di comparazione e poi da un valore intero. 

Le proprieta' di un atomo che possono essere utilizzate in RasMol sono 'atomno' 
per il numero di serie dell'atomo, 'elemno' per il numero atomico dell'atomo 
(elemento), 'resno' per il numero di residuo, 'radius' per il raggio spacefill 
in unita' RasMol (o zero se non si rappresenta come una sfera) e 'temperature' 
per il valore isotropico di temperature in PDB. 

l'operatore di uguaglianza e' indicato sia come "=" sia come "==". l'operatore 
di diseguaglianza e' indicato invece come "<>", "!=" o "/=". Gli operatori 
di ordine sono  "<" per meno di, "<=" per meno di o uguale a, ">" per 
maggiore di , e ">=" per maggiore di o uguale a. 


Examples:    resno < 23
             temperature >= 900
             atomno == 487


?within expressions
Within Expressions

Una espressione di RasMol 'within' (in) permette di selezionare atomi in
prossimita' di altri atomi. Una espressione 'within' prende due parametri
separati da una virgola racchiusi in parentesi. Il primo e' un  valore intero
chiamato "cut-off" dell'espressione 'within' ed il secondo e' una qualsiasi
espressione di atomo valida. Il cut-off viene espressa in una unita' di RasMol
o in Angstroms con cifre decimali. Un atomo e' selezionato se si trova
all'interno del cut-off degli atomi definiti nel secondo parametro. Cio'
permette di costruire espressioni complesse usando espressioni 'within'
annesse.

Per esempio, il comando 'select within(3.2,backbone)' seleziona qualsiasi
atomo in un raggio di 3.2 Angstrom a partire da qualsiasi atomo nello
scheletro di una proteina o acido nucleico. Le espressioni  'Within' sono
particolarmente utili per selezionare gli atomi attorno un sito attivo.  
?sets
?predefined
?predefined sets
Predefined Sets

Le espressioni degli atomi in RasMol possono contenere gruppi (set)
predefiniti. Questi gruppi sono costitutiti da singole parole-chiave. Spesso
si tratta di abbreviazioni di espressioni per gli atomi primitive, in altri
casi  di aree che selezionano una molecola che non potrebbe essere altrimenti
distinta. Di seguito si riporta un eslenco di gruppi predefiniti. Oltre al
presente elenco, RasMol usa nomi di elementi (ed il loro plurale ) che
contengono tutti gli atomi di quel tipo di elemento, cioe' il comando  'select
oxygen' e' equivalente al comando 'select elemno=8'. Per informazioni su un
determinato gruppo, digitare: "help sets setname"

    at              acidic          acyclic         aliphatic
    alpha           amino           aromatic        backbone
    basic           bonded          buried          cg
    charged         cyclic          cystine         helix
    hetero          hydrogen        hydrophobic     ions
    large           ligand          medium          neutral
    nucleic         polar           protein         purine
    pyrimidine      selected        sheet           sidechain
    small           solvent         surface         turn
    water


?at
?sets at
?at set
AT Set

Questo gruppo contiene gli atomi della coppia di nucleotidi complementari
adenine e timidina (rispettivamente A e T). Tutti i nucleotidi sono
classificati sia come il gruppo 'at' sia come il gruppo  'cg'  Questo gruppo e'
equivalente alle espressioni degli atomi di RasMol "a,t", e "nucleic and not
cg".


?acidic
?sets acidic
?acidic set
Acidic Set

Questo e' il gruppo degli amminoacidi acidi, quali i residui Asp e Glu.  Tutti
gli amminoacidi si classificano come  'acidic', 'basic' 'o' 'neutral'. Questo
gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di RasMol "asp, glu" e "amino
and not (basic or neutral)".
 
?acyclic
?sets acyclic
?acyclic set
Acyclic Set

Si riferisce al gruppo di amminoacidi che non contiene un ciclo o anello.
Tutti gli amminoacidi sono classificati  come  'cyclic' o 'acyclic'. Questo
gruppo e' equivalente alla espressione di atomo di RasMol  "amino and not
cyclic".  
?aliphatic
?sets aliphatic
?aliphatic set
Aliphatic Set

Questo gruppo contiene gli amminoacidi alifatici: Ala, Gly, Ile, Leu e Val. E'
equivalente alla espressione di atomo di RasMol  "ala, gly, ile, leu, val".  
?alpha
?alpha carbon
?alpha carbons
?sets alpha
?alpha set
Alpha Set

Questo e' il gruppo di carboni alfa nella molecola di proteina. Equivale
approssimativamente alla espressione di atomo di RasMol "*.CA". Questo comando
non va confuso con il gruppo predefinito  'helix' che contiene gli atomi degli
amminoacidi  nelle alfa eliche.  
?amino
?sets amino
?amino set
Amino Set

Questo gruppo contiene tutti gli atomi contenuti in residui di amminoacidi. E'
utile per distinguere le proteine dagli acidi nucleici e da eteroatomi
presenti nella molecola attiva.

?aromatic
?sets aromatic
?aromatic set
Aromatic Set

Si riferisce al  gruppo di atomi negli amminoacidi che contengono anelli
aromatici. Questi amminoacidi His, Phe, Trp e Tyr. Poiche' essi contengono
anelli  aromatici, tutti i membri di questo gruppo sono membri del gruppo
predefinito 'cyclic'.  Questo gruppo e' equivalente alle espressioni dell'atomo
di RasMol "his, phe, trp, tyr" e "cyclic and not pro".  
?mainchain
?sets backbone
?sets mainchain
?backbone set
Backbone Set

Questo gruppo contiene i quattro atomi di ogni amminoacido che forma lo
scheletro polipeptididico N-C-C-O delle proteine, e gli atomi dello scheletro
di fosforibosidico degli acidi nucleici. I gruppi predefiniti di RasMol
'protein' e 'nucleic' si usano per differenziare le due forme di scheletro.
Gli atomi negli acidi nucleici e nelle proteine possono essere sia del
'backbone' che delle 'sidechain'. Questo gruppo e' equivalente alla espressione
di atomo di RasMol "(protein or nucleic) and not sidechain".

Il gruppo predefinito 'mainchain' e' equivalente all'espressione di 'backbone'.  
?basic
?sets basic
?basic set
Basic Set
Gruppo degli amminoacidi basici. Essi sono i residui  Arg, His e Lys. Tutti
gli amminoacidi sono classificati come  'acidic', 'basic' o 'neutral'. Questo
gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di RasMol  "arg, his, lys" e
"amino and not (acidic or neutral)".

?bonded
?sets bonded
?bonded set
Bonded Set
Questo gruppo contiene tutti gli atomi presenti nel database della molecola
corrente che sono legati ad almeno un atomo.  

?buried
?sets buried
?buried set
Buried Set

Questo gruppo contiene gli atomi in quegli amminoacidi che tendono a restare
inclusi all'interno della proteina, lontani dal contatto con il solvente delle
molecole. Questo gruppo si riferisce al comportamento degli amminoacidi 
indipendentemente dalla accessibilita' del solvente della proteina corrente.
Tutti gli amminoacidi  sono classificati come  'surface' o 'buried'.  Questo
gruppo e' equivalente all'espressione di atomo  di RasMol "amino and not
surface".  

?cg
?sets cg
?cg set
CG Set

Questo gruppo contiene gli atomi presenti nei nucleotidi complementari
citidina e guanina (C e G, respettivamente). Tutti i nucleotidi sono
classificati come gruppo  'at' o 'cg' Questo gruppo e' equivalente alle
espressioni di atomo di RasMol "c,g" e "nucleic and not at".  

?charged
?sets charged
?charged set
Charged Set

Questo gruppo contiene gli amminoacidi carichi. Essi sono quelli 'acidic' o
'basic'.  Gli amminoacidi sono classificati come 'charged' oppure 'neutral'.
Questo gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di RasMol  "acidic or
basic" e "amino and not neutral".  

?cyclic
?sets cyclic
?cyclic set
Cyclic Set

Questo gruppo si riferisce agli atomi in amminoacidi che contengono cicli o
anelli. Tutti gli amminoacidi sono classificati come 'cyclic' o 'acyclic'.
Questo gruppo consiste negli amminoacidi His, Phe, Pro, Trp e Tyr. I membri
del gruppo predefinito 'aromatic' fanno parte di questo gruppo. l'unico
amminoacido ciclico ma non  aromatico e' la prolina. Questo gruppo e'
equivalente alle espressioni di atomo di RasMol "his, phe, pro, trp, tyr" e
"aromatic or pro" e "amino and not acyclic". 
 
?cystine
?sets cystine
?cystine set
Cystine Set

Questo gruppo contiene gli atomi dei residui di cisteina che formano parte dei
ponti disolfuri, cioe' semicistina. RasMol determina automaticamente i ponti
disolfuro se non sono stati usati ne' il gruppo predefinito  'cystine' ne' il
comando di RasMol 'ssbonds'  da quando e' stata caricata la molecola. Il gruppo
di  cisteine libere si puo' definire utilizzando le espressioni di atomo di
RasMol atom "cys and not cystine".  
?helix
?helices
?alpha helix
?alpha helices
?sets helix
?sets helices
?helix set
Helix Set

Questo gruppo  contiene tutti gli atomi che formano parte di un'alfa elica di
come determinato dall'autore del file PDB o dall'algoritmo DSSP di Kabsch e
Sander. Per  default, RasMol usa la determinazione della struttura secondaria
data nel file PDB se e' presente. In caso contrario,  usa  l'algoritmo  DSSP 
come avviene con il comando di RasMol 'structure'. Questo gruppo predefinito
non va confuso con  'alpha'  che contiene gli atomi di carbonio alfa di una
proteina.  
?hetero
?sets hetero
?hetero set
Hetero Set

Questo gruppo contiene tutti gli eteroatomi della molecola. Sono gli atomi
descritti dalle entrate  HETATM nel file PDB. Normalmente essi sono costituiti
da acqua, cofattori, altri solventi e ligandi. Tutti gli atomi  'hetero' atomi
vengono classificati come atomi 'ligand' o 'solvent' . Gli atomi  'solvent' 
sono poi ulteriormente classificati come  'water' o 'ions'.

?hydrogen
?sets hydrogen
?hydrogen set
Hydrogen Set

Questo gruppo predefinito include tutti gli atomi di idrogeno, deuterio e gli
atomi di trizio della molecola corrente. Questo gruppo predefinito e'
equivalente alla espressione di atomo di RasMol "elemno=1".

?hydrophobic
?sets hydrophobic
?hydrophobic set
Hydrophobic Set

Questo gruppo contiene tutti gli amminoacidi idrofobici: Ala, Leu, Val, Ile,
Pro, Phe, Met e Trp. Tutti gli amminoacidi sono classificati come
'hydrophobic' o 'polar'. Questo gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo
di RasMol  "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" e "amino and not polar". 

?ions
?sets ions
?ions set
Ions Set

Questo gruppo contiene tutti i fosfati eterogenei e gli ioni di solfato
presenti nel file di dati corrente. Un gran numero di questi ioni sono
talvolta associati con strutture di proteine e acidi nucleici determinati
dalla cristallografia a raggi  X. Questi atomi tendono a rallentare
disordinatamente una immagine. Tutti gli atomi  'hetero' sono classificati
come atomi 'ligand' o 'solvent' . Tutti gli atomi  'solvent' sono classificati
come  'water' o 'ions'.  

?large
?sets large
?large set
Large Set

Tutti gli amminoacidi sono classificati come  'small', 'medium' o 'large'.
Questo gruppo e' equivalente alla espressione di atomo di RasMol  "amino and
not (small or medium)". 
 
?ligand
?sets ligand
?ligand set
Ligand Set

Questo gruppo contiene tutti i cofattori eterogenei o parte di ligandi  che
sono contenuti nel file di dati della molecola corrente. Questo gruppo viene
definito come di tutti gli eteroatomi che non sono atomi 'solvent'. Percio'
questo gruppo e' equivalente alla espressione di atomo di  RasMol  "hetero and
not solvent". 
 
?medium
?sets medium
?medium set
Medium Set

Tutti gli amminoacidi sono classificati come  'small', 'medium' o 'large'.
Questo gruppo e' equivalente alla espressione di atomo di RasMol "amino and not
(large or small)".  
?neutral
?sets neutral
?neutral set
Neutral Set

Rappresenta il gruppo di amminoacidi neutri. Tutti gli amnoacidi sono
classificati come 'acidic', 'basic' o 'neutral'. Questo gruppo e' equivalente
alla espressione di atomo di RasMol "amino and not (acidic or basic)". 
 
?nucleic
?sets nucleic
?nucleic set
Nucleic Set

Si riferisce al gruppo di tutti gli atomi presenti negli acidi nucleici che e'
composto dalle quattro basi nucleatidi di  adenosina, citidina, guanosiae and
timidina (rispettivamente A, C, G eT). Tutti inucleotidi sono classificati
come  'purine' o 'pyrimidine'. Questo gruppo e' equivalente alle espressioni di
atomo di RasMol "a,c,g,t" e "purine or pyrimidine". I simboli peri nucleotidi 
RNA (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, and PSU)
sono riconosciuti come appartenenti a questo gruppo.  
?polar
?sets polar
?polar set
Polar Set

Questo gruppo contiene amminoacidi polari. Tutti gli  amminoacidi sono
classificati come 'hydrophobic' o 'polar'. Questo gruppo e' equivalentealla
espressione di atomo di RasMol "amino and not hydrophobic".  
?protein
?sets protein
?protein set
Protein Set

Si riferisce al gruppo di tutti gli atomi presenti nelle proteine. Consiste
nel gruppo predefinito di RasMol  'amino' e le modifiche post-trasduzionale
piu' frequenti. 
 
?purine
?sets purine
?purine set
Purine Set

Si riferisce al  gruppo di nucleotidi purinici. Questi sono le basi adenina e
guanina (rispettivamente A e G). Tutti i nucleotidi  sono 'purines' o
'pyrimidines'. Questo gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di RasMol
 "a,g" e "nucleic and not pyrimidine".

?pyrimidine
?sets pyrimidine
?pyrimidine set
Pyrimidine Set

Si riferisce al  gruppo di  nucleotidi pirimidinici, cioe' le basi citosina and
timina (rispettivamente C e T). Tutti i nucleotidi sono  'purines' o
'pyrimidines'. Questo gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di RasMol
 "c,t" e "nucleic and not purine". 
 
?selected
?sets selected
?selected set
Selected Set

Questo gruppo contiene il gruppo di atomi nella regione attualmente
selezionata che e' a sua volta stata definita dai comandi precedenti 'select' o
'restrict' e non dall'espressione degli atomi che contiene la parola-chiave
'selected'. 
 
?sheet
?sheets
?beta sheet
?beta sheets
?sets sheet
?sets sheets
?sheet set
Sheet Set

Questo gruppo contiene tutti gli atomi che formano parte di un foglietto beta
della proteina come viene determinato dall'autore del file PDB  o
dall'algoritmo DSSP di Kabsch e Sander. Per default, RasMol usa la
determinazione della struttura secondaria data nel file PDB, se esiste. In
caso contrario, il programma usa l'algoritmo DSSP come utilizzato dal comando
di RasMol 'structure'. 

?sidechain
?sets sidechain
?sidechain set
Sidechain Set
Questo gruppo contiene le catene laterali di ogni amminoacido  e delle basi
azotate di ogni nucleotide. Questi sono gli atomi che non formano lo scheletro
polipeptide N-C-C-O delle proteine o del fosforibosio degli acidi nucleici.
Per distinguere tra le due forme di catene laterali si usa il gruppo
predefinito di RasMol  'protein' e 'nucleic'. Gli atomi negli acidi nucleici e
nelle proteine sono 'backbone' o 'sidechain'. Questo gruppo e' equivalente alla
espressione di RasMol "(protein or nucleic) and not backbone". 

?small
?sets small
?small set
Small Set

Tutti gli amminoacidi sono classificati come 'small', 'medium' o 'large'.
Questo gruppo e' equivalente alla espressione di atomo di RasMol "amino and not
(medium or large)".  

?solvent
?sets solvent
?solvent set
Solvent Set

Questo gruppo contiene gli atomi delle molecole di solvente presenti  nel file
di coordinate della molecola, cioe' molecole di acqua, fosfati e ioni solfati.
Tutti gli atomi  'hetero' sono classificati come atomi 'ligand' o 'solvent'.
Tutti gli atomi  'solvent' sono classificati come  'water' o 'ions'. Questo
gruppo e' equivalente alle espressioni di atomo di  RasMol "hetero and not
ligand" e "water or ions". 

?surface
?sets surface
?surface set
Surface Set

Questo gruppo contiene quegli atomi degli amminoacidi che tendono a (o
preferiscono) stare sulla superficie della proteina, in contatto con molecole
di solventi. Questo gruppo si riferisce alle preferenze degli amminoacidi e
non alla attuale accessibilita' del solvente per la proteina corrente. Tutti
gli amminoacidi sono classificati come 'surface' o 'buried'. Questo gruppo e'
equivalente alla espressione di atomo di RasMol "amino and not buried".

?turn
?turns
?sets turn
?sets turns
?turn set
Turn Set

Questo gruppo contiene tutti gli atomi che formano parte di un turn come viene
determinato dall'autore del file PDB  o dall'algoritmo DSSP di Kabsch and
Sander Per default, RasMol usa la determinazione della struttura secondaria
data nel file PDB, se esiste. In caso contrario, il programma usa l'algoritmo
DSSP  come per il comando di RasMol 'structure'.  
?water
?waters
?sets water
?sets waters
?water set
Water Set

Questo gruppo contiene tutte le molecole eterogenee di acqua esistenti nel
file di dati in uso. Un gran numero di molecole di acqua sono talvolta
associate con strutture di proteine e di acidi nucleici determinati dalla
cristallografia di raggi  X. Questi atomi tendono a disordinare l'immagine.
Tutti gli atomi 'hetero' sono classificati come atomi 'ligand' o 'solvent' .
Gli atomi  'solvent' sono ulteriormente classificati come 'water' o 'ions'.

?set summary
Set Summary

La seguente tabella riassume la classificazione di RasMol dei comuni amminoacidi. 
 

 Residues  ALA ASN CYS GLN HIS LEU MET PRO THR TYR
             ARG ASP GLU GLY ILE LYS PHE SER TRP VAL
            A R N D C E Q G H I L K M F P S T W Y V
====================================================
Predefined
Set:
acidic            *   *
acyclic     * * * * * * * *   * * * *     * *     *
aliphatic   *             *   * *                 *
aromatic                    *         *       * *
basic         *             *     *
buried      *       *         * *   * *       *   *
charged       *   *   *     *     *
cyclic                      *         * *     * *
hydrophobic *             *   * *   * * *     * * *
large         *       * *   * * * * * *       * *
medium          * * *                   *   *     *
negative          *   *
neutral     *   *   *   * * * * *   * * * * * * * *
polar         * * * * * *   *     *       * *
positive      *             *     *
small       *             *               *
surface       * * *   * * * *     *     * * *   *


?colors
?colours
?color schemes
?colour schemes
?color names
?colour names
?predefined colors
?predefined colours
Colour Scheme

Il comando di RasMol 'colour' consente di assegnare un colore specifico  a
diversi oggetti (atomi, legami e segmenti di nastro) . Il colore puo' essere
sia un nome di colore predefinito di  RasMol oppure una tripletta di valori
RGB. Inoltre, RasMol supporta schemi di colore per atomi  'alt', 'amino',
'chain', 'charge', 'cpk', 'group', 'model', 'shapely', 'structure',
'temperature' o 'user', e schemi di colore per legami a idrogeno  'hbond type'
e schemi di colore per le superfici punteggiate 'electrostatic potential'.  Di
seguito sono riportati gli attuali 24 colori con le loro corrispondenti
triplette RGB.

    Black        [0,0,0]            Orange       [255,165,0]
    Blue         [0,0,255]          Pink         [255,101,117]
    BlueTint     [175,214,255]      PinkTint     [255,171,187]
    Brown        [175,117,89]       Purple       [160,32,240]
    Cyan         [0,255,255]        Red          [255,0,0]
    Gold         [255,156,0]        RedOrange    [255,69,0]
    Grey         [125,125,125]      SeaGreen     [0,250,109]
    Green        [0,255,0]          SkyBlue      [58,144,255]
    GreenBlue    [46,139,87]        Violet       [238,130,238]
    GreenTint    [152,255,179]      White        [255,255,255]
    HotPink      [255,0,101]        Yellow       [255,255,0]
    Magenta      [255,0,255]        YellowTint   [246,246,117]


Se si desidera usare un colore non predefinito, basta scrivere uno script di
un rigo. Per esempio, per colorare di grigio il gruppo di atomi selezionato,
si genera un  file 'grey.col' che contiene il rigo, 'colour [180,180,180]
#grey', e poi si da il comando 'script grey.col'.

?alt
?color alt
?colour alt
?alt colours
?alternate
?alternate conformer
?alt colours
Alt Colours

Lo schema colore  'alt' (Conformero Alternativo) codifica la struttura di base
con un colore e assegna un limitato numero di colori ad ogni conformero
alternativo . In RasMol per sistemi di colori di 8-bit, sono consentiti 4
colori per conformeri alternativi. Negli altri casi si dispone di 8 colori. 
 
?color amino
?colour amino
?amino colours
Amino Colours

Lo schema dei colori di RasMol 'amino' colora gli amminoacidi secondo le
tradizionali proprieta' di questi. I colori hanno la funzione di identificare
gli amminoacidi in ambienti inusuali o strani. Le parti esterne di una
proteina che sono polari sono rese con colori visibili (luminosi) ed i residui
non polari sono resi invece con colori piu' scuri.  La maggioranza dei colori
sono normalmente ascritti per tradizione. Lo schema dei colori e' simile allo
schema 'shapely'. 

   ASP,GLU Bright Red [230,10,10]     CYS,MET     Yellow [230,230,0]
   LYS,ARG Blue       [20,90,255]     SER,THR     Orange [250,150,0]
   PHE,TYR Mid Blue   [50,50,170]     ASN,GLN     Cyan   [0,220,220]
   GLY     Light Grey [235,235,235]   LEU,VAL,ILE Green  [15,130,15]
   ALA     Dark Grey  [200,200,200]   TRP         Purple [180,90,180]
   HIS     Pale Blue  [130,130,210]   PRO         Flesh  [220,150,130]
   Others  Tan        [190,160,110]


?chain
?color chain
?colour chain
?chain colours
Chain Colours

Lo schema dei colori di  RasMol 'chain' assegna a ogni catena macromolecolare
un colore unico. Questo schema e' particolarmente utile per distinguere le
parti di struttura multimerica o i filamenti ('strands') individuali  di  una 
catena  di  DNA. Si puo' selezionare 'Chain' dal menu' di RasMol 'Colours'. 
 
?charge
?color charge
?colour temperature
?charge colours
Charge Colours

Lo schema di colori di  RasMol 'charge' codifica ogni atomo secondo il valore
di carica del file di entrata (o il campo di  fattore beta nel file PDB). I
valori alti si colorano di azzurro (positivo) e quelli bassi di rosso
(negativo). Piuttosto che usare una scala fissa questo schema determina i
valori massimo e minimo del campo carica/temperatura e interpola colori che
vanno dall'azzurro al rosso. Il verde, quindi, non puo' essere considerato come
assenza di carica netta.

La differenza tra gli schemi dei colori  'charge' e 'temperature' sta nel
fatto che incrementando i valori di temperatura si ottengono i colori che
vanno dall'azzurro al rosso, mentreincrementando i valori di carica si va dal
rosso all'azzurro.

Se i campi di  carica/temperatura contengono valori ragionevoli e' possibile
usare il comando di RasMol 'colour dots potential' per colorare una superficie
punteggiata (generata dal comando 'dots' ) con il colore corrispondente al
potenziale elettrostatico.  
 
?color cpk
?colour cpk
?cpk colours
CPK Colours

Lo schema di colori di  RasMol 'cpk' si basa sui colori dei popolari modelli
sviluppati da Corey, Pauling e successivamente raffinati da Kultun. Secondo
questo schema gli oggetti 'atomo' sono colorati per tipo (elemento). Si tratta
dello schema usato convenzionalmente dai chimici la cui assegnazione dei
colori e' riportata nel seguente schema:


    Carbon       light grey       Chlorine         green
    Oxygen       red              Bromine, Zinc    brown
    Hydogen      white            Sodium           blue
    Nitrogen     light blue       Iron             orange
    Sulphur      yellow           Magnesium        forest green
    Phosphorous  orange           Calcium          dark grey
                                  Unknown          deep pink


?group
?color group
?colour group
?group colours
Group Colours

Lo schema dei colori di  RasMol 'group' colora  i  residui  secondo la loro
posizione su una catena macromolecolare. Ogni catena appare come uno spettro
dall'azzurro al rosso passando per il verde,  giallo e rosso. Quindi si avra'
che le porzioni N-terminali delle proteine ed i terminali  5' degli acidi
nucleici sono colorati di rosso, mentre le porzioni C-terminali delle proteine
ed i terminali 3' degli acidi nucleici sono colorati di azzurro. Se una catena
ha un gran numero di molecole eterogenee ad essa associate, la macromolecola
potrebbe non apparire nella estensione completa dello spettro.  Lo schema
'Group' e' accessibile dal menu' 'Colours' di RasMol.

Se una catena ha molte molecole eterogenee associate, la macromolecola non
viene rappresentata con tutta la gamma di colori. Quando RasMol esegue la
colorazione il programma determina la fascia di colori da usare prendendola
dal numero di residuo dati nel file PDB. Quindi si avra' che il numero di
residuo piu' basso viene visualizzato in azzurro ed il piu' alto in rosso.
Purtroppo, se un file PDB  contiene un gran numero di etereoatomi, come le
molecole di acqua, queste occuperanno i numeri di residui piu' alti, e la
proteina viene visualizzata alla fine dello spettro azzurro-verde e le
molecole di acqua alla fine dello spettro giallo-rosso; cio' accade spesso
perche' e' tipico trovare piu' molecole di acqua che residui di amminoacidi in
una proteina. Per risolvere il problema si puo' usare il comando  'set hetero
off' prima di applicare lo schema dei colori  group. In alternariva e' anche
possibile disattivare  'Hetero Atoms' dal  menu' 'Options' prima di selezionare
'Group' dal menu' 'Colour'. Con questo comando RasMol utilizza solo  residui 
non-etero nella scala dei colori  group.  
?model
?color model
?colour model
?modelcolours
?modelcolors
?model colors
?NMR
?NMR model
?nmr model colours
NMR Model Colours

Lo schema dei colori di  RasMol 'model' codifica ogni modello NMR con uno
specifico colore. Il numero di modello NMR con un valore numerico. I valori
alti sono colorati in azzurro, mentre quelli bassi in rosso. Questo meccanismo
non e' una regola fissa, ma determina i valori massimi e quelli intermedi si
colorano per interpolazione dal rosso all'azzurro.

?shapely
?shapely colors
?shapely colours
?shapely colours
Shapely Colours

Lo schema di colori di RasMol 'shapely' codifica i residui secondo le
proprieta' dell,amminoacido. Questo schema si basa sui "Shapely Models" di Bob
Fletterick. Ad ogni residuo di amminoacido e acido nucleico viene assegnato un
colore specifico. Anche il programma Raster3D di David Bacon utilizza lo
schema di colori  'shapely'. Questo schema e' simile allo schema di colori
'amino'. 

ALA      Medium Green  [140,255,140]   GLY      White         [255,255,255]
LEU      Olive Green   [ 69, 94, 69]   SER      Medium Orange [255,112, 66]
VAL      Light Purple  [255,140,255]   THR      Dark Orange   [184, 76,  0]
LYS      Royal Blue    [ 71, 71,184]   ASP      Dark Rose     [160,  0, 66]
ILE      Dark Green    [ 0,  76,  0]   ASN      Light Salmon  [255,124,112]
GLU      Dark Brown    [102,  0,  0]   PRO      Dark Grey     [ 82, 82, 82]
ARG      Dark Blue     [  0,  0,124]   PHE      Olive Grey    [ 83, 76, 66]
GLN      Dark Salmon   [255, 76, 76]   TYR      Medium Brown  [140,112, 76]
HIS      Medium Blue   [112,112,255]   CYS      Medium Yellow [255,255,112]
MET      Light Brown   [184,160, 66]   TRP      Olive Brown   [ 79, 70,  0]
ASX,GLX,PCA,HYP
         Medium Purple [255,  0,255]

A        Light Blue    [160,160,255]   C        Light Orange  [255,140, 75]
G        Medium Salmon [255,112,112]   T        Light Green   [160,255,160]

Backbone Light Grey    [184,184,184]   Special  Dark Purple   [ 94, 0, 94]
Default  Medium Purple [255,  0,255]

 
?color structure
?colour structure
?structure colours
Structure Colours
Lo schema di colori 'structure' di RasMol colora la molecola in base alla 
struttura secondaria della proteina. Le alfa eliche sono colorate in magenta, 
[240,0,128], foglietti beta sono colorati in giallo, [255,255,0], i turns 
sono colorati in blu, [96,128,255] e tutti gli altri residui sono colorati in 
bianco. La struttura secondaria e' letta dal file PDB  (record HELIX, SHEET e 
TURN) se disponibile, o determinata usando l'algoritmo DSSP di Kabsch e 
Sander. Il comando 'structure' di RasMol puo' essere usato per forzare 
l'assegnamento della struttura DSSP che deve essere usata.

?temperature
?color temperature
?colour temperature
?temperature colours
Temperature Colours
Lo schema di colore 'temperature' di RasMol codifica ciascun atomo in accordo 
al valore della sua temperatura anisotropica (beta) memorizzata nal file PDB. 
Tipicamente questo da' una misura della sua mobilita'/incertezza della posizione 
di un dato atomo. Valori alti sono rappresentati in colori caldi (rosso) e 
valori bassi in colori freddi (blu). Questa caratteristica e' spesso usata per 
associare un valore scala [come la variabilita' amminoacidica in mutanti 
virali] con ciascun atomo in un file PDB, e colorare la molecola in modo
appropriato.

La differenza tra gli schemi di colori 'temperature' e 'charge' e' che valori 
crescenti di temperatura vanno dal blu al rosso, mentre valori crescenti 
di carica vanno dal rosso al blu.

?user
?color user
?colour user
?user colours
User Colours
Lo schema di colori 'user' consente a RasMol di usare lo schema di colori
memorizzato nel file PDB. I colori per ciascun atomo sono memorizzati nel
record COLO del file PDB. Questa convenzione e' stata introdotta dal programma
Raster3D di David Bacon.

?type
?color type
?colour type
?hbond type colours
HBond Type Colours
Il schema di colore di RasMol 'type' si applica solo a legami a idrogeno,
quindi e' usato nel comando 'colour hbonds type'. Questo schema di colori
codifica ciascun legame a idrogeno in accordo alla distanza lungo una catena
poipeptidica tra il donatore e l'accettore del legame a idrogeno. Questa
rappresentazione schematica e' stata introdotta da Belhadj-Mostefa e
Milner-White. Questa rappresentazione da' una buona idea della struttura
secondaria della proteina (legami idrogeno che formano alfa eliche appaiono
rossi, quelli che formano foglietti beta appaiono gialli e quelli che formano
turns appaiono magenta).

      Offset    Colore    Triplo
        +2      bianco    [255,255,255]
        +3      magenta   [255,0,255]
        +4      rosso     [255,0,0]
        +5      arancione [255,165,0]
        -3      ciano     [0,255,255]
        -4      verde     [0,255,0]
      default   giallo    [255,255,0]


?potential
?electrostatic
?electrostatic potential 
?potential colours
Potential colours
Lo schema di colori 'potential colours' si applica solo a superfici a punti,
quindi e' usato nel comando 'colour dots potential'. Questo schema colora
ciascun punto della superfice punteggiata. Questo potenziale e' calcolato
usando la legge di Coulomb, prendendo il campo temperatura/carica del file in
ingresso associato all'atomo. Questa e' la stessa interpretazione usata dal
comando 'colour charge'. Come lo schema di colori 'charge', i valori bassi
sono blu/bianchi e i valori alti sono rossi. La tabella sotto mostra le
assegnazioni statiche di colori usando un valore della costante dielettrica di
10.

     25 < V          rosso       [255,0,0]
     10 < V <  25    arancione   [255,165,0]
      3 < V <  10    giallo      [255,255,0]
      0 < V <   3    verde       [0,255,0]
     -3 < V <   0    ciano       [0,255,255]
    -10 < V <   3    blu         [0,0,255]
    -25 < V < -10    porpora     [160,32,240]
          V < -25    bianco      [255,255,255]


?codes
?amino codes
?amino acid codes
Amino Acidi Codes
La tabella seguente elenca i nomi, ed i codici a singole lettere e a tre
lettere per ogni amminoacido. 

    Alanina         A  ALA         Arginina         R  ARG
    Asparagina      N  ASN         Acido aspartico  D  ASP
    Cisteina        C  CYS         Acido glutammico E  GLU
    Glutammina      Q  GLN         Glicina          G  GLY
    Istidina        H  HIS         Isoleucina       I  ILE
    Leucina         L  LEU         Lisina           K  LYS
    Metionina       M  MET         Fenilalanina     F  PHE
    Prolina         P  PRO         Serina           S  SER
    Treonina        T  THR         Triptofano       W  TRP
    Tirosine        Y  TYR         Valina           V  VAL


?boolean expression
?boolean expressions
?booleans
Booleans
Un parametro boolean e' un valore vero. Valori boolean validi sono 'true' e 
'false', e i loro sinonimi 'on' e 'off'. I parametri boolean sono usati 
comunemente da RasMol per abilitare o disabilitare una rappresentazione o 
un'opzione.

?file
?chfile
?fileformats
?file formats
File Formats


?Protein Data Bank Files
Protein Data Bank Files
Se non hai la documentazione PDB, puoi trovare utile il seguente sommario 
del formato file PDB. Il Protein Data Bank e' un database computerizzato di 
strutture macromolecolari. Il database e' stato costruito nel 1971 dal 
Brookhaven National Laboratory, Upton, New York, come archivio di dominio 
pubblico di strutture cristallografiche risolte. Il database usa un formato 
uniforme per memorizzare coordinate atomiche e connettivita' di legame parziali 
come derivati dagli studi cristallografici. Nel 1999 il Protein Data Bank si e' 
spostato al Research Collaboratory for Structural Biology.

Le entries dei file PDB consistono di record di 80 caratteri ciascuno. Usando 
l'analogia delle schede perforate, le colonne da 1 a 6 contengono un 
identificatore di tipo record, le colonne da 7 a 70 contengono dati. Nelle 
entries piu' vecchie le colonne da 71 a 80 sono normalmente vuote, ma possono 
contenere informazioni di sequenza aggiunte dal programma di gestione della 
libreria .Nelle nuove entries conformi al formato PDB 1996, ci sono altre 
informazioni in queste colonne. I primi quattro caratteri dell'identificatore 
del record sono sufficienti ad identificare in modo univovo il tipo di record, 
e la sintassi di ciascun record e' indipendente dall'ordine dei record 
all'interno di qualunque entry per una particolare macromolecola. 

Gli unici tipi di record che sono di maggiore interesse per RasMol sono 
ATOM e HETATM, che descrivono la posizione di ciascun atomo. I record 
ATOM/HETATM contengono nomi standard di atomi e abbreviazioni di residui, 
identificatori di sequenza, coordinate in unita' Angstrom, occupazioni e 
fattori di movimento termico. I dettagli esatti sono riportati appresso in 
formato FORTRAN. La colonna "fmt" indica l'uso del campo in tutti i formati 
PDB, nei formati del 1992 e precedenti o in quelli del 1996 e successivi. 

FORMAT(6A1,I5,1X,A4,A1,A3,1X,A1,I4,A1,3X,3F8.3,2F6.2,1X,I3,2X,A4,2A2)

   Colonna   Contenuto                                              fmt
    1-6     'ATOM' o 'HETATM'                                       all
    7-11    Numero di serie dell'atomo (puo' avere lacune)           all
   13-16    Nome dell'atomo, nel formato standard IUPAC             all
    17      Indicatore di posizione alternato indicato da A, B o C  all
   18-20    Nome del residuo, nel formato standard IUPAC            all
   23-26    Numero di sequenza del residuo                          all
    27      Codice per l'inserzione di residui (p.e. 66A & 66B)     all
   31-38    Coordinata X                                            all
   39-46    Coordinata Y                                            all
   47-54    Coordinata Z                                            all
   55-60    Occupanzione                                            all
   61-66    Fattore temperatura                                     all
   68-70    Numero pedice                                           92
   73-76    Identificatore di Segmento (giustificato a sinistra)    96
   77-78    Simbolo dell'elemento (giustificato a destra)           96
   79-80    Carica dell'atomo                                       96



I residui appaiono in ordine, a partire dal residuo N-terminale per le proteine 
e dall'estremita' 5' per gli acidi nucleici. Se la sequenza dei residui e' nota,
alcuni numeri di serie di atomi possono essere omessi, per consentire future 
inserzioni di qualunque atomo mancante. All'interno di ciascun residuo, gli 
atomi sono ordinati in modo standard, cominciando dallo scheletro (N-C-C-O 
per le proteine) e procedendo in progressivo allontanamento dal carbonio alfa, 
lungo la catena laterale.

I record HETATM sono usati per definire modificazioni post-traduzionali e 
cofattori associati alla molecola principale. I record TER sono interpretati 
come interruzioni nello scheletro della molecola principale. 

Se presenti, RasMol controlla anche i record HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, 
CONECT, CRYST1, SCALE, MODEL, ENDMDL, EXPDTA e END. Informazioni come il nome, 
codice di database, data di revisione e classificazione della molecola sono 
estratte dai record HEADER e COMPND, gli assegnamenti iniziali della struttura 
secondaria sono presi dai record HELIX, SHEET e TURN, e la fine del file puo' 
essere indicata da un record END.

?rasmol interpretation of pdb fields
Rasmol interpretation of pdb fields
Atomi localizzati in 9999.000, 9999.000, 9999.000 sono considerati dentro 
pseudo atomi e sono ignorati da RasMol. Inoltre, sono considerati come pseudo 
atomi o marker di posizione i nomi di atomi che iniziano con ' Q'. 

Quando un file di dati contiene una struttura NMR, in un singolo file PDB 
possono essere messe conformazioni multiple delimitate da coppie di record 
MODEL e ENDMDL. RasMol mostra tutti i modelli NMR contenuti nel file.

Nomi di residui "CSH", "CYH" e "CSM" sono considerati pseudonimi della 
cisteina "CYS". Nomi di residui "WAT", "H20", "SOL" e "TIP" sono considerati 
pseudonimi di acqua "HOH". Il nome di residuo "D20" e' considerato acqua 
pesante "DOD". Il nome di residuo "SUL" e' considerato ione solfato "SO4". 
Il nome di residuo "CPR" e' consideraro come cis-prolina, ed e' tradotto come 
"PRO". Il nome di residuo "TRY" e' considerato uno pseudonimo di triptofano 
"TRP".  

RasMol usa i campi HETATM per definire i set etero, acqua, solvente e ligando. 
Qualunque gruppo con il nome "HOH", "DOD", "SO4" o "PO4" (o con un alias ad 
uno di questi nomi dalle regole precedenti) e' considerato un solvente che deve 
essere definito da un campo HETATM.

RasMol rispetta solo record di connettivita' CONECT nei file PDB che contengono  
meno di 256 atomi. Questo e' spiegato meglio nella sezione sulla determinazione 
della connettivita' molecolare. Records CONECT che definiscono un legame piu' di 
una volta sono interpretati come specificanti l'ordine di quel legame, p.e. 
un legame specificato due volte e' un doppio legame e un legame specificato 
tre (o piu') volte e' un triplo legame. Questa non e' una caratteristica PDB 
standard.  

?pdb colour scheme specification
PDB colour scheme specification
RasMol accetta anche i record supplementari tipo COLO nei file PDB. 
Questo formato di record e' stato introdotto dal programma Raster3D di 
David Bacon per specificare lo schema di colore che deve essere usato durante 
il rendering della molecola. Questa estensione non e' correntemente supportata 
da PDB. Il record COLO ha lo stesso tipo record di base  dei record ATOM e 
HETATM descritti sopra.   

I colori sono assegnati agli atomi usando un processo di corrispondenza. Il 
campo Mask e' usato nel processo di corrispondenza come segue. Prima RasMol 
legge e memorizza tutti i record ATOM, HETATM e COLO in ordine di ingresso. 
Quando lo schema di colori definito dall'utente ('User') e' selezionato, 
RasMol va attraverso ciascun record ATOM/HETATM memorizzato, e cerca un 
record COLO che corrisponda in tutte le colonne da 7 a 30. Il primo record 
COLO trovato determina il colore e il raggio dell'atomo.

   Colonna   Contenuto
    1-6     'COLOR' o 'COLOUR'
    7-30    Mask (descritta sotto)
   31-38    Componente Rossa
   39-46    Componente Verde
   47-54    Componente Blu
   55-60    Raggio della sfera in Angstroms
   61-70    Commenti



Nota che le componenti Rosso, Verde e Blu sono nella stessa posizione delle 
componenti X, Y e Z di un record HETA o un ATOM, ed il raggio di van der 
Waals va al posto dell'Occupazione. Le componenti Rosso, Verde e Blu devono 
essere tutte nell'intervallo da 0 a 1. 

Affinche' un record COLO possa fornire specificazioni per piu' di un atomo 
(p.e. basato sul residuo, tipo d'atomo, o qualunque altro criterio per cui 
etichette possono possono essere date in colonne da 7 a 30), e' usato un 
carattere di 'non importanza', il cancelletto "#" (diesis). Questo carattere, 
quando e' trovato in un record COLO, si abbina a qualunque carattere nella 
colonna corrispondente in un record ATOM/HETATM. Tutti gli altri caratteri 
devono corrispodere identicamente per contare come abbinamento. Come 
estensione alle specifiche, qualunque atomo che fallisce l'abbinamento a un
record COLO e' mostrato in bianco. 

?multiple nmr models
Multiple NMR Models
RasMol carica tutti i modelli NMR da un file PDB, qualunque sia il comando 
usato: 'load pdb <filename>' o 'load nmrpdb <filename>' 

Una volta che conformazioni NMR multiple sono state caricate, possono essere 
manipolate con le estensioni di espressione d'atomo descritte in 'Primitive 
expressions'. In particolare, il comando 'restrict */1' limitera' il display 
solo al primo modello.

?cif and mmcif format file 
CIF and mmCIF Format File 
CIF e' lo standard IUCr per la presentazione di piccole molecole e mmCIF e' 
inteso come la sostituzione per i campi-fissi del formato PDB per la 
presentazione di strutture macromolecolari. RasMol puo' accettare set di dati 
in entrambi i formati.

Ci sono molti siti utili sul World Wide Web dove possono essere trovati 
strumenti di informazione e software relativi a CIF, mmCIF e il PDB. I 
seguenti sono buoni punti di partenza per l'esplorazione:

La International Union of Crystallography (IUCr) da' accesso a software, 
dizionari, dichiarazioni sulla politica e documentazione relativa a CIF e 
mmCIF presso: IUCr, Chester, England (www.iucr.org/iucr-top/cif/) con molti 
siti mirror.

Il Nucleic Acid Database Project da' accesso alle sue entries, software e 
documentazione, con una pagina mmCIF che da' accesso al dizionario a agli 
strumenti software alla Rutgers University, New Jersey, USA
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) con molti siti mirror.

Questa versione di RasMol limita i valori dei tag CIF e mmCIF essenzialmente 
alle stesse convenzioni usate per i campi fissi del formato PDB. Cosi' 
identificatori di catena e identificatori di conformazione alternata sono
limitati a un singolo carattere, nomi di atomi sono limitati a 4 caratteri, 
ecc. RasMol interpreta i seguenti tag CIF e mmCIF:
   tag mmCIF                    tag CIF                Usati per

   _struct_biol.details                              Inf. classificazione
   _database_2.database_code                         Inf. codice identif. 
   _entry.id
   _struct_biol.id
   _struct.title                                     Inf. nome molecola
   _chemical_name_common
   _chemical_name_systematic
   _chemical_name_mineral

   _symmetry.space_group_name_H-M
                               _symmetry_space_group_name_H-M
                                                      Inf.spacegroup
   _cell.length_a              _cell_length_a         Inf.cell
   _cell.length_b              _cell_length_b
   _cell.length_c              _cell_length_c
   _cell.angle_alpha           _cell_angle_alpha
   _cell.angle_alpha           _cell_angle_alpha
   _cell.angle_beta            _cell_angle_beta
   _cell.angle_gamma           _cell_angle_gamma

   _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]
                               _atom_sites_fract_tran_matrix_11
                                                      Usato per calcolare
                                                      coordinate ortogonali
   ...                         ...
   _atom_sites.fract_transf_vector[1]
                               _atom_sites_fract_tran_vector_1
   ...                         ...
   _atom_sites.cartn_transf_matrix[1][1]
                               _atom_sites_cartn_tran_matrix_11
                                                      Alternativa per
                                                      calcolare coord. ort.
   ...                         ...
   _atom_sites.cartn_transf_vector[1]
                               _atom_sites_cartn_tran_vector_1
   ...                         ...
   _atom_site.cartn_x          _atom_site_cartn_x
                                                      coordinate atomiche 
   ...                         ...
   or
   _atom_site.fract_x          _atom_site_fract_x
   ...                         ...

   _struct_conn.id                                    legami
   ...
   _geom_bond.atom_site_id_1
                               _geom_bond_atom_site_label_1
   ...                         ...

   _struct_conf.id                                    eliche, foglietti, turns
   _struct_sheet_range.id
   ...                         ...

Una ricerca viene effettuata attraverso blocchi di dati multipli per i tag
desiderati, cosi' un singolo set di dati puo' essere composto di piu' blocchi di
dati, ma blocchi multipli di dati non possono essere contenuti nello stesso
file.

?machine specific support
?chmacspec
Machine-Specific Support


Nelle sezioni seguenti, sono descritti i supporti per 'X-Windows
Monocromatico', 'Tcl/Tk IPC', 'UNIX sockets based IPC', 'Compilare RasWin con
Borland e MetroWerks'.

?momochrome support x windows
?momochrome support x windows
Monochrome X-Windows Support
RasMol supporta le numerose workstation Unix monocromatiche che si trovano 
tipicamente in ambito accademico, come vecchie workstation SUN e NCD 
X-terminals. La versione X11 di RasMol (quando compilato in 8 bit) ora 
riconosce i display X-Windows in bianco e nero e permette il dithering 
automaticamente. L'uso in run-time di dithering di errore di diffusione 
significa che tutti i modi del display sono disponibili in modalita' 
monocromatica. Per risultati migliori, gli utenti dovrebbero sperimentare 
il comando set ambient per assicurare il massimo contrasto nell'immagine. 

?tcltk
?tcl/tk ipc support
Tcl/Tk IPC Support
La versione 4 delle librerie grafiche Tk ha cambiato il protocollo usato per 
comunicare tra le applicazioni Tk. La versione di RasMol 2.6 e' stata modificata 
per comunicare con il nuovo protocollo ed il precedente versione 3 supportato 
da RasMol v2.5. Sebbene le applicazioni Tcl/Tk 3.x possono solo comuniconare 
con altre applicazioni 3.x e applicazioni Tcl/Tk 4.x con altre applicazioni 
Tcl/Tk 4.x, questi cambi consentono a RasMol di comunicare tra i processi con 
entrambi i protocolli (anche concorrentemente).

?sockets
?ipc
?unix sockets based ipc
UNIX sockets based IPC
L'implementazione UNIX di RasMol supporta il socket di comunicazione stile 
BSD. Un meccanismo di socket identico e' stato sviluppato anche per i sistemi 
VMS, Apple Macintosh e Microsoft Windows. Questo dovrebbe consentire a RasMol 
di mostrare interattivamente i risultati di un calcolo su un computer remoto. 
Il protocollo corrente agisce come server TCP/IP sulla porta 21069 che esegue 
istruzioni da linea di comandi finche' il comando "esci" e' eseguito. Il comando 
"esci" dal server RasMol disconnette la sessione corrente e termina RasMol. 
Questa funzionalita' puo' essere testata usando il comando UNIX 
'telnet <hostname> 21069'.

?borland
?metrowerks
?compiling raswin with borland and metrowerks
Compiling RasWin with Borland e MetroWerks
Diversi cambi sono stati fatti al codice sorgente nel passaggio dalla versione 
2.5 alla 2.6 per consentire alla versione Microsoft Windows di RasMol di 
compilare usando il compilatore Borland C/C++. Queste modifiche includono 
cambi di nomi per le librerie standard e codice speciale per evitare un bug in 
_fmemset. Ulteriori modifiche sono state fatte nella transizione da 2.6 a 2.7 
per consentire la compilazione con i compilatori MetroWerks. 


?bibliography
?chbib
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